USS Thresher je američka pomorska podmornica koja je izgubljena 1963. tijekom vježbi dubokog ronjenja. Sudbina USS Threshera izazvala je brojne zabrinutosti oko sigurnosti podmornica na nuklearni pogon i potaknula mornaricu Sjedinjenih Država da uspostavi sigurnosni program za pružanje poboljšane obuke i odgovora na katastrofe. Ovaj program, poznat kao SUBSAFE, pruža kontrolu kvalitete i jamstva sigurnosti za cijelu flotu na nuklearni pogon.
Ova je podmornica bila vodeći brod u svojoj klasi, što znači da je bila prva izgrađena prema novom skupu specifikacija. Broj trupa USS Thresher bio je 593, a tehnički podmornice izgrađene nakon USS Threshera trebale bi biti poznate kao Thresher ili podmornice klase 593, ali se umjesto toga nazivaju podmornicama klase Permit ili 594, nakon drugog broda u klasi, zbog na praznovjerja o brodovima koji su izgubljeni na moru. Klasa Permit zamijenjena je kasnijim novim modelima nuklearnih podmornica.
Službeno pušten u rad 1961. godine, USS Thresher prošao je opsežna ispitivanja na moru od strane kapetana i posade. Podmornica je doživjela nekoliko manjih problema tijekom razdoblja ispitivanja na moru, uključujući probleme s balastnim spremnicima i nuklearnim reaktorom. Nakon što su pokusi na moru konačno dovršeni, USS Thresher je 9. travnja 1963. izbačen na more uz obalu Massachusettsa na obuku u dubokom moru, u pratnji USS Skylark, broda za spašavanje podmornica.
USS Thresher potopio se do očekivane dubine, a zatim je izvijestio da ima problema i da pokušava izroniti. Izvještaj je bio iskrivljen, a za podmornicu se više nikada nije čulo. USS Skylark izvijestio je da je brod izgubljen, a pokrenut je napor da se identificira olupina i utvrdi je li reaktor procurio ili ne. USS Thresher potonuo je u dovoljno duboku vodu da prouzrokuje eksploziju broda pod pritiskom, ubivši 129 mornara na brodu za manje od dvije sekunde i raspršivši brod po dnu oceana u šest dijelova. Rutinska radiološka istraživanja nisu uspjela otkriti znakove da je brodsko nuklearno gorivo kontaminiralo područje.
Čini se da istraživanje o sudbini USS Thresher ukazuje na to da je brod potonuo zbog kvara na njegovom sustavu cjevovoda slane vode koji je u konačnici doveo do poplave podmornice, isključivši nuklearni reaktor. Prije nego što je posada podmornice uspjela ponovno pokrenuti reaktor, brod je potonuo. Oporavak olupine USS Thresher nije bio moguć zbog dubine na kojoj je podmornica potonula i zabrinutosti zbog nuklearne kontaminacije, a nekoliko spomenika brodu i njegovoj posadi nalazi se na raznim mjestima u Sjedinjenim Državama, uključujući Nacionalno groblje Arlington.