Velika kuga bila je posljednja velika epidemija bubonske kuge u Britaniji 1665. i 1666. godine. Nije bilo dostupnog liječenja ili lijeka, a žrtve su bile u karanteni u svojim domovima. Službeni zapisi navode 68,576 smrtnih slučajeva uzrokovanih kugom, ali su umrle tisuće nedokumentiranih žrtava, a većina stručnjaka se slaže da je stvarni broj smrtnih slučajeva oko 100,000.
Bubonska kuga bila je dobro poznata ljudima u Engleskoj iz 17. stoljeća. O crnoj smrti iz 14. stoljeća, koja je zahvatila Europu i ubila gotovo trećinu stanovništva, još se naširoko raspravljalo, a epidemije su bile godišnja pojava. Bila je to užasna bolest bez lijeka, koja je brzo zahvatila tijelo s bolovima i temperaturom, usmrtivši žrtvu u roku od nekoliko dana.
Iako je bolest bila poznata, nije bila dobro shvaćena. Postojao je niz popularnih teorija infekcije, svaka sa svojim vlastitim preporučenim mjerama prevencije. Nosegay su njušili kako bi se suprotstavili otrovima u zraku, a životinje koje su se smatrale potencijalnim prijenosnicima su ubijene. Palile su se vatre kako bi se spalila zaraza, a vjerovalo se da duhanski dim pomaže. Drugi su se obraćali Bogu u molitvi ili su se obraćali praznovjerju, noseći čarobne amajlije za zaštitu.
Zapravo, bolest su prenijeli štakori, odnosno buhe koje žive na štakorima. Tijekom godina koje su prethodile Velikoj kugi, populacija Londona je procvjetala, a rasla je i populacija štakora. Kada su mačke i psi, za koje se u to vrijeme vjerovalo da su prenosioci bolesti, ubijeni od strane desetaka tisuća, štakori se više nisu suočavali s urbanim grabežljivcima, što je omogućilo da populacija štakora raste neobuzdano.
Velika kuga u Londonu počela je odmah izvan gradskih zidina, u župi zvanoj St. Giles-in-the-Fields. Prvi slučaj otkriven je u travnju 1665. Do kraja svibnja broj žrtava narastao je na 11. Te su žrtve bile zaključane u vlastitim domovima, a na vratima je bio oslikan crveni križ. Ipak, broj slučajeva nastavio je rasti diljem St. Giles-in-the-Fields, a do srpnja je bolest bila unutar gradskih zidina.
Nakon što je kuća obilježena križem, cijela je obitelj stavljena u karantenu. Bez nade u izlječenje ili oporavak, ovo je bila smrtna presuda. Postavljeni su stražari kako bi spriječili ljude da bježe iz karantenskih domova. Tijela su noću ostavljena na ulici radi prikupljanja. Muškarci s kolicima povikali bi “Iznesite svoje mrtve” i odnijeli tijela u jednu od jama za kugu.
Do rujna 1665. Velika kuga je dosegla svoj vrhunac, s više od 8,000 službenih izvješća o smrti tog mjeseca. Hladno zimsko vrijeme donijelo je predah od bolesti, ali smrtni slučajevi su se nastavili i 1666., osobito u rubnim zajednicama. Konačno, do rujna 1666., činilo se da je epidemija gotova. Slučajno, Veliki požar u Londonu dogodio se u ovom mjesecu, ali ne izgleda da je požar doveo do kraja Velike kuge.