Vodeno čišćenje je na bazi vode i uključuje korištenje različitih metoda čišćenja za uklanjanje masnoće, prljavštine i ulja s dijelova i opreme. Ovaj oblik čišćenja je poželjniji za odmašćivanje umjesto korištenja otapala na bazi nafte, jer postoji manji rizik od opasnog izlaganja za radnike. Vodene metode odmašćivanja koriste posebnu opremu s biorazgradivim smjesama za čišćenje za uklanjanje ulja. Postupak vodenog čišćenja sastoji se od koraka čišćenja na bazi vode, nakon čega slijedi više koraka vodenog ispiranja.
Prelazak na vodeno čišćenje sa sustava na bazi otapala značajno smanjuje ili eliminira kruti opasni otpad i emisije u zrak. Sva otpadna voda iz vodenih sustava mora biti pravilno zbrinuta ili pročišćena, a otopine za čišćenje u vodenom sustavu moraju biti kemijski kompatibilne s dijelom koji se čisti. Smjesa za čišćenje na bazi vode koji se koriste u vodenom čišćenju ovise o miješanju i toplini kako bi razbili prljavštinu u sitne čestice.
Jedinice za čišćenje ormarića s raspršivačem i mikrobiološki sudoper dvije su jedinice za čišćenje koje se koriste za vodeno čišćenje. Ormari za raspršivanje vode čiste opremu i dijelove prskanjem visokotemperaturnih otapala pod visokim tlakom unutar zatvorenog ormarića. Stručnjaci preporučuju ormariće za prskanje za dijelove s zemljom koju je teško ukloniti. Idealan je za smanjenje količine rada čišćenja i nudi visoku razinu učinka čišćenja.
Jedinice za mikrobne sudopere najbolje su za dijelove s laganim do umjerenim nakupljanjem tla. Ove jedinice imaju filtere koji uklanjaju krute ostatke iz dijelova. Neke od prednosti korištenja mikrobioloških umivaonika za vodeno čišćenje uključuju niske kapitalne troškove i mogućnost izbjegavanja suhe kože na rukama. Tehnologija mikroba koja se koristi u ovim jedinicama umivaonika rijetko zahtijeva odlaganje otopine za čišćenje. Stručnjaci preporučuju promjenu otopine samo kada učinak čišćenja opadne.
Ultrazvučni sustav za čišćenje, koji je također vodeni sustav za čišćenje, zahtijeva pretvarač, spremnik i generator. Transduktori mogu biti ili zatvoreni u čelično kućište ili spojeni na dno spremnika. Valovi koje proizvode sonde vrše ogroman pritisak da olabave tlo u pukotinama i slijepim rupama. Čišćenje se postiže procesom kavitacije, u kojem se mjehurići brzo stvaraju i kolabiraju u tekućini. Ovi sustavi su idealni za uklanjanje onečišćenja iz unutarnjih pukotina i najbrža je i najekonomičnija metoda za pranje dijelova.