Znanstvena medicina odnosi se na vrstu medicine koja se razvila tijekom posljednjih nekoliko stoljeća i postala ono što danas poznajemo kao konvencionalna medicina od 19. stoljeća nadalje. Moderna medicina, kako je još nazivaju, ovisi o znanstvenim opažanjima za liječenje i razumijevanje ljudskog tijela. Otkriće teorije klica i zaraznih uzroka bolesti bilo je važan napredak za znanstvenu medicinu. Prije uspostave znanstvene medicine, različiti pristupi medicini bili su u modi, poput krvarenja i pročišćavanja, ali s pojavom tretmana utemeljenih na dokazima, oni su pali u nemilost. Središnje mjesto u znanstvenoj medicini bilo je obrazovanje i osposobljavanje liječnika prema znanstvenom standardu.
Tehnološki napredak u području medicine u 19. stoljeću uvelike je pridonio razumijevanju bolesti u ljudskom tijelu. Mikroskopi su omogućili znanstvenicima da identificiraju i opišu stanice, te otkriju koje su stanice abnormalne u bolesti. Izmišljena je oprema koja se i danas u nekom obliku koristi, poput stetoskopa i rendgenskih aparata. Farmakologija, proučavanje i proizvodnja lijekova, postala je komercijalno isplativija nego prije zbog novih procesa kemijske sinteze i rafiniranja tijekom industrijske revolucije.
Laboratorijske tehnike, kao što su mikroskopska analiza i kemijski testovi tvari poput urina, također su postale korisne liječnicima tijekom tog vremena. Fiziologija, koja proučava kako tijelo funkcionira, također je pomogla ovom procesu. Teorija klica, koja je priznavala mikroskopske organizme koji uzrokuju zarazne bolesti, još je jedan važan dio znanstvenog medicinskog pristupa. Liječnici su se također više zainteresirali za eksperimentalnu medicinu, te su dokumentirali svoje pokušaje i rezultate za druge medicinske stručnjake.
Tijekom 19. stoljeća razvio se i sustav provjere učinkovitosti pojedinog tretmana, nazvan numerička metoda. Rezultati specifičnih tretmana mogli bi se analizirati pomoću statistike, a liječnik bi tada mogao vidjeti je li liječenje bilo korisno, beskorisno ili opasno. Ova metoda provjere dokaza, koja je bitna za moderna klinička istraživanja, značila je da su ranije uobičajene mogućnosti liječenja kao što je puštanje krvi bile odbačene i zamijenjene tretmanima za koje je liječnik mogao dokazati učinkovitost.
Iako su ti pomaci prema znanstvenoj medicini bili u tijeku tijekom 19. stoljeća, u pojedinim zemljama nije postojala jedinstvena obrazovna kvalifikacija koja bi mogla proizvesti liječnike koji su radili prema medicini utemeljenoj na dokazima. Profesionalne organizacije liječnika koji su vjerovali u znanstvenu medicinu u odnosu na druge vrste medicine lobirali su da ljudi koji rade kao liječnici imaju kvalifikaciju. Državne vlasti u zemljama koje su se pretplatile na znanstvenu metodu stvorile su odbore za liječničke licence i dale odobrenje samo onim obrazovnim ustanovama koje su mogle pružiti potreban standard obrazovanja i ispita studentima.
Standardizacija je značila da ljudi koji su prakticirali manje rigoroznu medicinu utemeljenu na dokazima nisu mogli sebe nazivati liječnicima ili prakticirati kao liječnici. U moderno doba znanstvena medicina je poznata i kao konvencionalna medicina. Zdravstvene industrije komplementarne i alternativne medicine (CAM) ne koriste nužno ista pravila kao znanstvene metode i možda nemaju isti pristup medicini utemeljen na dokazima.