U većini slučajeva uklanjanje lojne ciste znači operaciju. Liječnik može ukloniti cijelu cistu i zašiti ranu ili drenirati, a zatim ukloniti zid ciste, dopuštajući da rana zacijeli bez šavova. Ponekad, međutim, liječnici mogu pokušati s drugim tretmanima za ciste lojnice prije nego što ih kirurški uklone. Na primjer, liječnik može davati injekcije, drenirati ciste i koristiti lasere za uništavanje ciste kao alternativu korištenju rezova za uklanjanje.
Ako osoba želi potpuno ukloniti cistu lojnice umjesto da se liječi, to često znači operaciju. U tom slučaju, liječnik može izrezati lojnu cistu iz okolnog tkiva. U većini slučajeva to nije kompliciran ili ozbiljan zahvat. Često se to može postići u liječničkoj ordinaciji i obično sprječava ponovnu pojavu ciste.
Postupak koji se koristi za uklanjanje cijele lojne ciste naziva se totalna ekscizija. Uz potpunu eksciziju, liječnik izrezuje cistu i koristi šavove za zatvaranje rane. Ranama od ciste na pacijentovom licu obično je potrebno oko tjedan dana da zacijele dovoljno da liječnik ukloni šavove; za one koji utječu na druge dijelove tijela, potrebno je oko dva tjedna. U većini slučajeva, potpunu eksciziju najbolje je izvesti na cisti koja nije upaljena. Iz tog razloga, liječnici često pokušavaju druge tretmane za uklanjanje upale prije nego što krenu s potpunom ekscizijom.
U nekim slučajevima uklanjanje lojne ciste uključuje postupak koji se umjesto toga naziva minimalna ekscizija. Da bi to postigao, liječnik zasiječe cistu i drenira njezin sadržaj. Zatim vadi cistu kroz sićušni rez kojim je uklonio njezin sadržaj. Uz ovu vrstu uklanjanja lojne ciste, liječnik možda neće koristiti šavove. U mnogim slučajevima, liječnik umjesto toga dopušta da ova vrsta rane zacijeli sama.
Laserski tretmani se također mogu koristiti za uklanjanje lojnih cista. Kod ove vrste liječenja, liječnik koristi lasersku zraku kako bi uništio cistu. Često ova vrsta tretmana također pomaže minimizirati rizik od ožiljaka.
Ponekad osoba može htjeti liječiti lojnu cistu umjesto da se ukloni. U takvom slučaju može zatražiti od svog liječnika injekcije s lijekom koji je namijenjen smanjenju upale. Ovaj tretman se obično primjenjuje samo ako cista nije inficirana. Ponekad liječnici također mogu liječiti cistu dreniranjem njenog sadržaja kroz mali rez.