Metabolizam lijekova, koji je biokemijski prijevod lijekova od strane unutarnjih ljudskih organskih sustava, može biti ometen ili ubrzan višestrukim čimbenicima. Modificirani metabolizam lijekova može dovesti do toksičnosti, što je pretjerana aktivacija kemijskog spoja, ili detoksikacije, što je pretjerana deaktivacija. Ovi procesi mogu biti uzrokovani čimbenicima kao što su apsorpcija i bioraspoloživost, patogeneza i inhibicija određenih enzimskih puteva. Većina metabolizma lijekova odvija se u jetri – druga manje aktivna mjesta postoje u gastrointestinalnom (GI) traktu, plućima i bubrezima. Iz tog razloga, studije provedene na čimbenicima za koje se zna da ometaju metabolizam lijekova usredotočuju se posebno na te sustave.
Apsorpcija i naknadna biodostupnost aktivnih spojeva lijeka često je prva smetnja koja se razmatra pri proučavanju metabolizma lijeka. Apsorpcija i bioraspoloživost diktiraju koliko brzo i na kojoj razini lijek doseže svoj ciljni organ. S tim u vezi, ovi procesi uvelike utječu na brzinu kojom se odvija metabolizam lijekova. Nepravilna apsorpcija može biti uzrokovana bolestima ili kvarom GI trakta; također može varirati zbog farmakološke metode primjene lijeka. Na metode primjene koje zahtijevaju da lijek prođe kroz želudac, na primjer, može utjecati specifična brzina apsorpcije od strane pacijenta. Pacijenti koji imaju kiselost želuca nižu od normalnog pH mogu imati problema s apsorpcijom mnogih spojeva lijekova.
Hrana i drugi lijekovi ponekad također mogu utjecati na brzinu apsorpcije. Na primjer, hrana bogata vlaknima ima tendenciju vezanja s mnogim spojevima, sprječavajući njihovu apsorpciju normalnom brzinom. Laksativi i diuretici koji se mogu kupiti bez recepta mogu utjecati na to koliko aktivnog lijeka ostaje u sustavu, određujući njegovu učinkovitost nakon metaboliziranja. Enzimski putevi, ključni za metabolizam lijekova, mogu biti otežani određenim namirnicama i drugim lijekovima koje pacijentu prepiše. U tim slučajevima, kemikalije svojstvene hrani, kao što je grejp, na primjer, koriste isti enzim za metabolizam kao i mnogi lijekovi. Ako se i hrana i lijek uzimaju u isto vrijeme, metabolizam lijeka može biti značajno inhibiran.
Unutar jetre, organela poznata kao grubi endoplazmatski retikulum indicirana je u početnom metabolizmu lijekova. Kako lijek ulazi u ovaj sustav, odvijaju se početne faze metabolizma lijeka. Ova faza se naziva prvim prolazom lijeka, što se odnosi na njegovo prvo prolazak kroz organ glavnog metabolizma, jetru. Svaki mehanički kvar ili bolest prisutna u jetri može utjecati na metabolizam lijeka nakon prvog prolaska.