Trošak etanola može se utvrditi raščlanjivanjem proizvoda i usluga korištenih za proizvodnju ovog alternativnog goriva. U većini slučajeva, stvaranje etanola klase goriva zahtijeva izvor škroba, proizvodni pogon i aditive za pretvaranje škroba u šećer i uklanjanje vode iz etanola. Ostali pridonosi troškovima etanola mogu uključivati transport goriva i održavanje pogona za proizvodnju etanola.
Najčešći izvor škroba koji se koristi za proizvodnju etanola je kukuruz. Kukuruz se može uzgajati isključivo za proizvodnju etanola ili za etanol i za ljudsku prehranu. Nema razlike između kukuruza s etanolom i kukuruza odobrenog za upotrebu kao izvor hrane. Trošak etanola ovisit će o trenutnoj tržišnoj cijeni kukuruza, ili bilo kojeg drugog oblika škroba koji se koristi za proizvodnju etanolnog goriva.
Proizvodni pogoni su potrebni za pretvorbu škroba, iz kukuruznog ili drugog izvora, u etanol. Ovi objekti mogu biti opremljeni destilerijama, fermentacijskim posudama i posudama za miješanje. Željeni učinak takve biorafinerije može utjecati na veličinu opreme koja se koristi za proizvodnju etanola. Ovi čimbenici moraju se uzeti u obzir pri određivanju cijene etanola.
Da bi se škrob koji se koristi za proizvodnju etanola pretvorio u čisti alkohol, potrebni su enzimi i aditivi. Od 2005., jedan od najnovijih enzima koji se koristi za pretvaranje kukuruznog škroba u šećer bio je enzim alfa-amilaza. Ostali potrebni aditivi mogu uključivati mikroorganizme za pretvaranje šećera u alkohol, kao i upijajuće materijale za uklanjanje vode iz etanola na kraju proizvodnje. Svi ovi materijali mogu doprinijeti ukupnoj cijeni etanola.
Nakon što je etanol proizveden, biogorivo će se možda morati premjestiti u skladište ili objekt koji se koristi za miješanje etanola s tradicionalnim benzinom. Mnogi gradovi zahtijevaju miješanje goriva u omjeru od 10% etanola prema 90% benzina kako bi se smanjili staklenički plinovi koji se emitiraju iz automobila koji koriste ovo gorivo. Etanol se također može miješati u omjeru od 85% etanola prema 15% benzina, što rezultira onim što se također naziva E85 etanol. Troškovi prijevoza također mogu promijeniti cijenu etanola.
Proizvodnja etanola također zahtijeva održavanje biorafinerije. Zaposlenici će često raditi na proizvodnji etanola i održavanju rada biorafinerije punim kapacitetom. Održavanje strojeva koji se koriste u svakoj fazi proizvodnje etanola može zahtijevati sustavno čišćenje, popravak i ažuriranje kako bi nastavili funkcionirati na siguran i učinkovit način. Troškovi takvog održavanja i plaće također se mogu dodati trošku etanola.