Antivirusni softver za pametne telefone može ponuditi dodatnu razinu zaštite od zlonamjernog softvera koji je dizajniran za napad na mobilne operativne sustave (OS-ove). Nekada se smatralo da su ti operativni sustavi relativno sigurni od zlonamjernih napada, ali mogu biti jednako ranjivi kao i drugi računalni uređaji. Većina antivirusnih softverskih paketa za pametne telefone brani se od virusa, trojanaca i drugih vrsta zlonamjernog softvera, ali neki nude i dodatnu zaštitu od krađe, kao što je zaključavanje kartice pretplatničkog identiteta (SIM). Pametni telefoni su ranjivi na razne vrste zlonamjernog softvera zbog sveprisutnog pristupa e-pošti i internetu koji nude ti uređaji, ali se također mogu zaraziti instaliranjem zlonamjernih programa koji su prerušeni u koristan softver.
Antivirusni softver bio je dostupan za pametne telefone otkad postoje uređaji, iako su se prve veće epidemije virusa dogodile tek 2010. U tom trenutku nekoliko popularnih mobilnih operativnih sustava bilo je na meti zlonamjernog softvera. Ovi uređaji često sadrže vrijedne podatke kao što su lozinke, podaci o kreditnim karticama i e-poruke koje ciljaju računalni kriminalci. Antivirusni softver za pametne telefone ne može zaštititi od svakog napada, ali može stvoriti prijeko potreban sloj zaštite za uređaje koji se obično koriste za pristup internetu ili preuzimanje aplikacija.
Neki pametni telefoni dolaze s ugrađenom zaštitom od vanjskih napada koja strogo kontrolira koji programi mogu pristupiti raznim funkcijama. Ove mjere su često dovoljne za zaštitu od zlonamjernih aktivnosti, iako uređaji koji su izmijenjeni iz tvorničkih postavki putem jailbreakinga, root-a ili instalacije prilagođenog firmwarea mogu izgubiti ovu zaštitu. Može biti osobito važno instalirati antivirusni softver za pametne telefone na uređaje koji su značajno izmijenjeni, no čak i telefoni koji zadrže sve svoje tvorničke postavke pokazali su se ranjivima na određene napade.
Antivirusni softverski paketi obično zauzimaju aktivniji stav protiv neželjenih upada od mjera koje neki uređaji provode prema zadanim postavkama. Ovi antivirusni programi za pametne telefone mogu skenirati preuzete aplikacije i privitke e-pošte u potrazi za zlonamjernim sadržajem, identificirati opasne web stranice i nadzirati sustav za sumnjive aktivnosti. Redovita ažuriranja raznih novih vrsta zlonamjernog softvera, uključujući potencijalno opasne infekcije kao što su rootkiti i rudari podataka, obično su uključena radi stalne zaštite.
Uz osnovnu zaštitu od zlonamjernog softvera, neki antivirusni softverski paketi pametnog telefona također uključuju funkcionalnost za pružanje fizičke sigurnosti. Zaključavanje SIM kartice može spriječiti lopova da koristi ukradeni telefon, a značajka daljinskog brisanja može se koristiti za uništavanje vrijednih podataka i sprječavanje neovlaštenih strana da im pristupe. Neki softverski paketi također uključuju rezervnu SIM karticu koja se može koristiti za redoviti prijenos važnih podataka kako se ne bi mogli izgubiti zajedno s telefonom.