Pod hipnozom, ljudi rutinski prijavljuju osjećaj smirenosti i opuštenosti, kao i smanjen osjećaj boli. Korištenjem snimanja mozga, istraživači su primijetili da prefrontalni korteks mozga, koji upravlja aktivnostima poput fokusirane pažnje i donošenja odluka, pokazuje izrazitu promjenu u svojim uobičajenim obrascima kada se osoba podvrgne hipnozi. Ove promjene potvrđuju da se manje boli zapravo doživljava i da nije samo zamišljeno, te da se svjesnost zapravo povećava kada se svijest osobe promijeni hipnozom.
Kada je um pod hipnozom, često se pretpostavlja da ljudi spavaju i nemaju kontrolu nad svojim ponašanjem. Zapravo, istina je upravo suprotno. Pod hipnozom, kognitivni dio mozga koji se obično bavi logikom i razmišljanjem je aktivniji nego u nehipnotičkom stanju. Kada je osoba pod hipnozom, misaoni dio mozga zapravo je jači i stoga je sposobniji oduprijeti se ovisničkom ponašanju ili podnijeti bol, a da je ne preplavi.
Hipnoterapija se često koristi u liječenju anksioznosti i bolesti povezanih sa stresom kao što su Crohnova bolest i sindrom iritabilnog crijeva. Istraživanja potvrđuju da je hipnoterapija uspješna u smanjenju simptoma takvih bolesti jer mentalni učinci hipnoze rezultiraju dubljom relaksacijom. Nakon stavljanja pod hipnozu, ljudi također doživljavaju fizičko olakšanje od simptoma često uzrokovanih stresom, kao što su gastrointestinalni problemi, glavobolje, nesanica i umor.
Dok je pod hipnozom osoba znatno smirenija, ali zahvaljujući snazi hipnotičke sugestije učinci hipnoze također mogu pomoći osobi nakon završetka sesije hipnoterapije. Na primjer, tijekom hipnoze može se dati sugestija osobi da duboko diše kada se u budućnosti suoči sa stresom ili da postane svjesnija kako se tijelo osjeća kada se suoči s tjeskobom. Stvaranjem pojačane posthipnotičke svjesnosti, osoba tada može raditi na suzbijanju negativnih reakcija namjerno opuštajući tjelesne mišiće i uzimajući nekoliko pročišćavajućih udaha umjesto da padne u nekontroliranu emocionalnu reakciju kada se suoči s budućim stresnim situacijama.
Prednosti se ne doživljavaju samo kada ih hipnoterapeut stavi pod hipnozu, već istraživanja pokazuju da se iste reakcije mogu postići i samohipnozom. Emocionalni učinci hipnoze čak su se pokazali vrlo korisnim za žene koje su podvrgnute biopsiji dojke, kao i za ublažavanje boli nakon takvog zahvata. Anksioznost često prati proces biopsije dojke, koji uključuje odsijecanje dijela tkiva dojke radi pregleda. Anksioznost se osjeća i zbog mogućnosti dijagnoze raka. Istraživanja su, međutim, dokazala da žene koje se navedu na samohipnozu imaju manju vjerojatnost da će doživjeti visoku razinu anksioznosti povezane s ovim postupkom.