Kada se kalcijev karbonat i klorovodična kiselina sretnu u želucu, dolazi do kemijske reakcije. Kombinacija kiseline koju prirodno proizvodi želudac i baze unesene u obliku kalcijevog karbonata, bilo putem izvora hrane ili mineralnog dodatka, prouzročit će neutralizaciju oba spoja i stvaranje nusproizvoda koji nisu ni kiseli ni Osnovni, temeljni. Učinak ove kombinacije je smanjenje nelagode zbog viška želučane kiseline što može dovesti do refluksa kiseline ili probavne smetnje. Umjereno, za većinu ljudi sigurno je uzimati kalcijev karbonat za liječenje viška želučane kiseline, iako postoji nekoliko uvjeta zbog kojih uzimanje ovog minerala nije preporučljivo.
Kemijski, kombinacija kalcijevog karbonata i klorovodične kiseline je proces poznat kao reakcija kiselina-karbonat. Ove reakcije uvijek uzrokuju da se atomi kiseline i karbonata odvoje od svojih izvornih veza i formiraju nove molekularne veze. Jednom kada se te nove veze formiraju, kiselina i karbonat više ne postoje, pretvoreni su u ionsku sol, vodu i ugljični dioksid.
Jedan od rezultata kemijske reakcije između kalcijevog karbonata i klorovodične kiseline u želucu je stvaranje kalcijevog klorida, koji je vrsta ionske soli. Osim stvaranja ove soli, ostali atomi u kombinaciji, ugljik, vodik i kisik, spojit će se jedni s drugima, tvoreći ugljični dioksid i vodu. Dok i kiseline i baze mogu uzrokovati kemijske opekline, neutralne molekule nastale nakon što međusobno reagiraju mogu proći kroz probavni sustav osobe bez nanošenja štete osobi.
Kada osoba uzima dodatak kalcijevog karbonata, rezultat je često smanjenje nelagode povezane s viškom želučane kiseline. Neutralizirajući kiselinu, kalcijev karbonat može zaustaviti ili značajno smanjiti bol od stanja kao što su refluks kiseline i probavne smetnje. Iako ne sprječava želudac u oslobađanju dodatne kiseline, uporaba kalcijevog karbonata učinkovito je kratkoročno rješenje. Mnogim pacijentima može biti preporučljivo uzimati ovaj dodatak kako bi se povećala količina kalcija u tijelu ili spriječio gubitak koštane mase. Bolesnici sa stanjima koja uključuju povišene razine kalcija trebaju se posavjetovati s liječnikom prije upotrebe kalcijevog karbonata kao tretmana za prekomjernu klorovodičnu kiselinu u želucu.