U klinici za hidroterapiju debelog crijeva, educirani profesionalci poput naturopata pripremaju postupke tijekom kojih se debelo crijevo puni tekućinom i više puta drenira kako bi se isprao materijal koji se nakupio u debelom crijevu. Da bi se to postiglo, cijev se ubacuje u rektum. Cijev isporučuje tekućinu u debelo crijevo. Kada se debelo crijevo napuni ili prepuni tekućinom, terapeut koji provodi tretman može masirati klijentov trbuh kako bi pomogao u procesu čišćenja. Tekućina koja se koristi za čišćenje debelog crijeva obično se regulira temperaturom i tlakom pomoću stroja koji također omogućuje klijentu da vidi materijal koji izlazi iz njegovog debelog crijeva.
Kako bi proces bio što ugodniji, klinika za hidroterapiju debelog crijeva obično nudi udoban podstavljen stol na koji klijent može ležati. Stol obično nalikuje stolu za masažu. Također, kako bi proces uvođenja cijevi u rektum bio što ugodniji, ambulanta obično ima pri ruci prirodna ili sintetička maziva kojima se oblaže kraj cijevi. Takva maziva mogu uključivati djevičansko kokosovo ulje ili maziva koja se inače koriste za povećanje seksualnog užitka.
Uobičajeno je da klinika za hidroterapiju debelog crijeva nudi nekoliko vrsta tekućina koje se mogu koristiti za čišćenje debelog crijeva. Najosnovnija tekućina koja se može koristiti je pročišćena voda. Neki ljudi odlučuju koristiti vodu koja je natopljena biljem, dok drugi odlučuju koristiti kavu za čišćenje debelog crijeva. Klinika za hidroterapiju debelog crijeva također može ponuditi liječenje debelog crijeva koje uključuje korištenje vode koja je prožeta češnjakom. Klijenti također mogu dati terapeutu da prilagodi temperaturu i tlak tekućine tijekom sesije kako bi iskustvo bilo što ugodnije.
Iako klijenti moraju skinuti odjeću s donje polovice tijela kako bi se podvrgli seansama hidroterapije debelog crijeva, klinika za hidroterapiju debelog crijeva obično radi vrlo naporno kako bi se pacijenti osjećali što opuštenije. Prije hidroterapije, klijentu se daje prostorija za terapiju da se po potrebi skine i legne pod deku, plahtu ili ručnik. Terapeut koji provodi sesiju obično može dovršiti većinu seanse, a da klijent ne mora otkrivati privatna područja donje polovice svog tijela.