Postoji nekoliko vrsta crijevnih bakterija koje žive u ljudskom tijelu, od kojih su neke korisne za probavni proces, a druge su potencijalno destruktivne, osobito kada su prisutne u velikom broju. Probiotici su korisni oblici crijevnih bakterija, kao i neki sojevi E. coli i neki oblici Streptococcus. Štetne vrste bakterija uključuju H. pylori, Salmonella i neke sojeve E. coli. O svim individualnim pitanjima koja se tiču crijevnih bakterija treba razgovarati s liječnikom ili drugim medicinskim stručnjakom.
Probiotici kao što su Lactobacillus i Bifidobacteria su prirodne vrste korisnih crijevnih bakterija. Bolest ili nepravilne prehrambene navike mogu poremetiti ravnotežu zdravih i nezdravih bakterija u crijevnom traktu. Iz tog razloga, suplementacija probioticima postala je sve popularniji način za vraćanje prirodne ravnoteže crijevnih bakterija. Ovi suplementi dostupni su u većini ljekarni i ne zahtijevaju liječnički recept, iako je uvijek pametno konzultirati se s liječnikom prije početka bilo kakve vrste dodataka prehrani.
Salmonela je vrsta štetnih crijevnih bakterija koje obično ulaze u tijelo kao rezultat trovanja hranom. Grčevi u trbuhu, groznica i proljev uobičajeni su simptomi trovanja salmonelom. U većini slučajeva simptomi nestaju sami od sebe u roku od nekoliko dana, iako ponekad može biti potrebna medicinska intervencija. Teški slučajevi salmonele mogu uzrokovati ekstremne bolesti ili čak smrt, pa se sve sumnje na simptome trovanja salmonelom trebaju prijaviti liječniku radi daljnje medicinske procjene.
Neki sojevi bakterije E. coli zapravo su korisni za održavanje zdravog probavnog trakta, dok drugi sojevi mogu uzrokovati umjerene do teške bolesti. Izvori ove vrste štetnih crijevnih bakterija uključuju nedovoljno kuhano meso i proizvode koji su došli u kontakt sa kontaminiranim izmetom. Neki od najčešćih simptoma trovanja E. coli uključuju bolne crijevne grčeve, krvavi proljev i groznicu. U mnogim slučajevima simptomi nestaju u roku od nekoliko tjedana bez liječničke intervencije, iako se mogu pojaviti potencijalno smrtonosne komplikacije.
Listeria je vrsta štetnih crijevnih bakterija koje se ponekad nalaze u vodi ili tlu i mogu kontaminirati gotovo sve vrste prehrambenih proizvoda. Simptomi trovanja Listerijom često počinju kao simptomi slični gripi kao što su groznica i umor. Srce, jetra i slezena se kasnije mogu povećati, a pacijent može ozbiljno oboljeti, što često zahtijeva hospitalizaciju. Trudnice su posebno osjetljive na ovu vrstu bakterijske infekcije, osobito kada jedu nedovoljno kuhano meso ili nedovoljno prerađeno mlijeko ili proizvode.