Dvoslojni afilijacijski programi marketinški su programi koji nude nagrade podružnicama koje ostvaruju vlastitu prodaju i koje upućuju druge podružnice. Prva razina uključuje prodaju pojedinačnih podružnica, koje zarađuju proviziju. Dvoslojni affiliate programi također imaju drugu razinu, u kojoj izvorni pridruženi partner može uputiti druge podružnice i zaraditi manju proviziju od prodaje koju ostvare. Ova ideja dvoslojnog affiliate marketinga popularna je i za podružnice i za tvrtke, ali postoje i prednosti i nedostaci ovog sustava koji se temelji na proviziji.
Prvi sloj, koji uključuje pojedinačnu prodaju i provizije, često je najunosniji na početku povezanosti osobe s određenom tvrtkom ili proizvodom. Provizije za pojedinačnu prodaju obično se kreću između 10% i 50%, iako mogu biti veće ili niže ovisno o proizvodu. Ovaj sustav nagrađivanja u skladu je sa stereotipnim partnerskim programom i nastavit će služiti kao održiv izvor prihoda za mnoge podružnice s dvije razine.
Provizije drugog reda također su moguće s partnerskim programima s dvije razine. To rezultira kada podružnica uputi druge na tvrtku, te osobe postanu podružnice i počnu s prodajom vlastitih proizvoda. Provizije za prodaju druge razine često su niže od prodaje prve razine i obično se kreću između 1% i 10%.
Neke od glavnih prednosti dvoslojnih affiliate programa su njihova tržišnost i prilika za zaradu, a mnoge podružnice mogu uspješno uputiti neke od svojih klijenata ili suradnika u sustav. Drugi sloj ne samo da omogućuje tim pojedincima da zarađuju od svojih preporuka, već također povećava vjerojatnost da će se referali prijaviti i aktivno sudjelovati, jer su također zainteresirani za zaradu druge razine za sebe. Kao rezultat toga, sustav postaje vrlo tržišno, povećavajući potencijal zarade i za poslovanje i za podružnice. Prilika za zaradu još je jedna prednost ovog marketinškog sustava, sve dok podružnice drugi sloj tretiraju kao dopunu zaradu prve razine, a ne oslanjajući se na nju kao na glavni izvor prihoda.
Jedan od glavnih nedostataka dvoslojnih affiliate programa je činjenica da će se mnoge podružnice prijaviti i pokušati zaraditi sve svoje provizije od prodaje druge razine. Kada bi svaki affiliate započeo s ovom strategijom, tada ne bi bilo prodaje jer bi se svi oslanjali na svoje preporuke za prodaju. Neki pojedinci također povezuju partnerske programe na dvije razine s višerazinskim marketinškim sustavima, koji često nisu tako održivi. Unatoč ovim nedostacima, mnoge podružnice i tvrtke mogu uspješno koristiti dvoslojne marketinške sustave kako bi povećali zaradu i potaknuli prepoznatljivost proizvoda.