Enzimi češnjaka su znanstveno poznati kao aliinazni enzimi. Ovi enzimi pretvaraju aliin, aminokiselinu u češnjaku, u alicin, fitokemikalija koja se navodi za snižavanje krvnog tlaka, smanjenje kolesterola i jačanje imunološkog sustava. Enzimi aliinaze postaju aktivni tek kada se oslobađaju rezanjem, žvakanjem, sjeckanjem ili drobljenjem češnjaka. Smatra se da su najsnažnije komponente češnjaka, enzimi češnjaka odgovorni su za davanje povrću prepoznatljivog okusa i mirisa.
Pretežno prisutni u ulju oslobođenom iz češnjaka, enzimi češnjaka miruju unutar membrana stanica češnjaka sve dok se češnjakom ne manipulira. Rezanje i drobljenje uništavaju membrane, oslobađajući enzime. Zagrijavanje i kuhanje imaju suprotan učinak i mogu ubiti većinu enzima u češnjaku.
Osim cijelog, svježeg češnjaka, enzimi češnjaka dostupni su u četiri opcije dodataka: macerat češnjakovog ulja, ekstrakt češnjaka, eterično ulje češnjaka uzeto iz mljevenog češnjaka i češnjak u prahu od mljevenog, sušenog češnjaka. Potonji je uobičajen začin. Nekoliko studija, međutim, osporava da su enzimi češnjaka u suplementima neučinkoviti. Samo se oblik dodatka ekstrakta, kada se primjenjuje lokalno, pokazao da ima neku korist u laboratorijskim studijama.
U području zdravlja, enzimi iz češnjaka smatraju se baktericidima, sposobnim ubiti štetne sojeve bakterija. Iz tog razloga, češnjak se koristi za liječenje strep grla i drugih infekcija. Neke studije sugeriraju da ovi enzimi također mogu ubiti viruse; ovo saznanje potaknulo je korištenje češnjaka kod pacijenata s virusom humane imunodeficijencije (HIV), herpesom i drugim spolno prenosivim bolestima.
Upotreba enzima češnjaka za liječenje najmanje pet vrsta raka i dalje je najčešća zdravstvena upotreba češnjaka. Visoka konzumacija češnjaka navodno može spriječiti ili preokrenuti rak debelog crijeva i želuca, prema medicinskim podacima. Na češnjak reagiraju i maligni tumori jednjaka, dojke i gušterače. Studije pokazuju da se prednosti enzima ne pojavljuju s izoliranim enzimima, već samo kada je aliinaza u prisutnosti drugih fitokemikalija u češnjaku, kao što su aliin i alicin. Zbog toga mnogi vjeruju da je najbolji način konzumiranja enzima redovita konzumacija cijelog češnjaka; zagovornici zdravlja predlažu dozu od jednog klinčića dnevno.
U medicinskoj zajednici pojavilo se nekoliko teorija koje objašnjavaju utjecaj enzima češnjaka na rak. Jedna teorija je da enzimi i druge kemikalije u češnjaku potiskuju aktivnost kancerogena. Druga teorija je da češnjak može zaustaviti umnožavanje stanica raka i popraviti oštećene stanice kako bi ponovno bile zdrave. Dodatna teorija je da uzimanje češnjaka uzrokuje odumiranje tkiva raka.