Najveći otoci Japana su Honshū, Shikoku, Hokkaidō i Kyūshū, koji zajedno čine 97% kopnene površine Japana. Sve u svemu, Japan ima preko 3,000 otoka. Japanski otoci su bili okupirani izuzetno dugo, od najmanje 35,000 godina prije Krista. Tijekom posljednjeg ledenog doba, Japan bi bio relativno miran, pošteđen ogromnih ledenjaka koji su pokrivali većinu Europe i Azije u to vrijeme. Danas otoci Japana imaju oko 127 milijuna stanovnika, što ovu naciju čini desetom po broju stanovnika na svijetu. Japan ima treće najveće svjetsko gospodarstvo, samo iza Sjedinjenih Država i Kine.
Honshū, najveći otok u zemlji, čini 61% kopnene mase i nalazi se u središtu Japana, između otoka Hokkaido na sjeveru i otoka Kyūshū i Shikoku na jugu. Veći od otoka Velike Britanije, Honshū je dugačak 1,300 km (800 milja) i širok od 50 do 230 km (31 do 143 milja). Honshū je planinski i vulkanski otok s gotovo 100 milijuna stanovnika, što ga čini jednim od najnaseljenijih otoka na svijetu. Većina stanovništva na otoku nalazi se u dostupnim nizinama, osobito u ravnicama Kantōa. Mnogi od najpoznatijih japanskih gradova nalaze se na otoku, uključujući Tokio, Yokohamu, Osaku, Kyoto, Kobe i Hirošimu.
Dva glavna japanska otoka južno od Honshūa su Kyūshū i Shikoku, koji čine 9% odnosno 5% ukupne površine Japana. Kyūshū, koji se nalazi na zapadu, ima 13 milijuna stanovnika, dok Shikoku ima 4 milijuna stanovnika, što ga čini najmanje naseljenim od japanskih otoka. Poput Honshūa, oba su otoka visoko planinska. Kyūshū je poznat po tome što ima najaktivniji japanski vulkan, planinu Aso (na 1,592 m ili 5,223 stope), dok je Shikoku poznat po svojim prekrasnim hramovima. Najvažniji gradovi na Kyūshūu su Nagasaki i Kagoshima. Najveći grad na Shikokuu je Matsuyama s pola milijuna stanovnika.
Posljednji među glavnim japanskim otocima je Hokkaidō, koji čini punih 22% kopnene površine Japana. Hokkaidō je drugi najveći japanski otok i među najruralnijima, sa populacijom od samo 68 ljudi po četvornom kilometru, za razliku od Honshūa od 430 ljudi po četvornom kilometru. Prirodno okruženje Hokkaida čini ga popularnom destinacijom za odmor među Japancima. Glavni grad Hokkaidōa je Sapporo, poznat diljem svijeta kao dom piva Sapporo i grad domaćin Zimskih olimpijskih igara 1972. godine. Kao i svaki drugi otok u Japanu, većina otoka je planinska, a većina stanovništva se može naći u jugozapadnim nizinskim područjima.