Krekeri od cjelovitog zrna, za razliku od standardnih bijelih krekera, napravljeni su od brašna koje koristi cijelo zrno. Kao rezultat toga, nude više nutritivne koristi od krekera koji nisu napravljeni od cjelovitih žitarica. Zbog toga mnogi pojedinci gledaju na krekere od cjelovitih žitarica kao na zdraviju alternativu. Mnogi pekari čak uključuju i druge zdrave sastojke u svoje recepte kako bi pridonijeli dodatnoj hranjivoj vrijednosti gotovom krekeru.
Svi krekeri od cjelovitog zrna počinju brašnom od cjelovitog zrna. Ove vrste brašna dobivaju se mljevenjem mekinja, klica i endosperma zrna. Druge vrste brašna koriste samo endosperm.
Među vrstama brašna koje se koristi za krekere od cjelovitog zrna, najzastupljenije su integralno pšenično brašno i graham brašno. Oba imaju grubu teksturu i proizvode se mljevenjem pšenice. Graham brašno melje mekinje i slojeve klica odvojeno, meljujući sloj mekinja u grube komade, a sloj klica u fine komade. Integralno pšenično brašno melje cijelo sjeme odjednom. Pekari mogu koristiti druga brašna od cjelovitih žitarica – poput raženog brašna, brašna od spelte i sojinog brašna – ali oni se rjeđe pojavljuju u receptima za krekere.
Dodatni sastojci koji se obično nalaze u krekerima od cjelovitog zrna uključuju sol, ulje i vodu. Ulje i voda daju dovoljno vlage za formiranje ravnog tijesta. Sol dodaje okus krekerima. Neki kuhari tijesto uvaljaju u višenamjensko brašno, a neki čak dodaju i malu količinu višenamjenskog brašna u brašno od cjelovitog zrna kako bi dobili finiju teksturu.
Ovisno o osobnim željama, pekari u svoje recepte dodaju i druge začine i sastojke koji dodatno mijenjaju okus. Sjemenke, uključujući sjemenke sezama, kima i maka, daju suptilan okus i novu dimenziju teksture. Začini, poput češnjaka u prahu i luka u prahu, stvaraju kreker slanijeg okusa. Med i šećer dodaju slatkoću krekeru. Dehidrirano povrće, pečeno i sitno nasjeckano, dodaje više vitamina i stvara nutritivno dobro izbalansiran kreker.
U većini recepata za krekere, pekar prvo pomiješa suhe sastojke. On ili ona dodaje ulje dok se ne sjedini sa suhim sastojcima, a zatim polako dodaje vodu dok se ne formira tijesto. Kuhar mora zamijesiti i razvaljati tijesto prije nego što ga reže u oblike koje želi za krekere. Ovi izrezani komadi tijesta peku se dok ne postanu hrskavi i porumene.
Krekeri od cjelovitog zrna imaju veću nutritivnu vrijednost od ostalih vrsta krekera. Rafinirano brašno koristi samo endosperm, koji sadrži većinu ugljikohidrata, proteina, vitamina i minerala u jezgri. Međutim, klica sadrži dodatne vitamine, proteine, minerale i zdrave masti, a mekinje sadrže vitamine, vlakna i antioksidanse. Dok krekeri napravljeni od rafiniranog brašna i dalje imaju nutritivnu vrijednost, krekeri od cjelovitih žitarica imaju potpuniji nutritivni profil.