Metanogeni su vrsta mikroorganizama koji proizvodi metan kao nusprodukt metabolizma u uvjetima vrlo niske količine kisika. Često su prisutni u močvarama, močvarama i drugim močvarama, gdje je metan koji proizvode poznat kao “močvarni plin”. Metanogeni također postoje u crijevima nekih životinja, uključujući krave i ljude, gdje doprinose sadržaju metana u nadutosti. Iako su nekada bili klasificirani kao arhebakterije, metanogeni su sada klasificirani kao arheje, za razliku od bakterija.
Neke vrste metanogena, uključujući one iz roda Methanopyrus, su ekstremofili, organizmi koji uspijevaju u uvjetima u kojima većina živih bića ne bi mogla preživjeti, kao što su topli izvori, hidrotermalni otvori, vruće pustinjsko tlo i duboko podzemno okruženje. Drugi, poput onih iz roda Methanocaldococcus, su mezofili, što znači da najbolje uspijevaju na umjerenim temperaturama. Methanobrevibacter smithii je istaknuti metanogen u ljudskom crijevu, gdje pomaže u probavi polisaharida ili složenih šećera.
Metanogeni su ili štapićasti ili sferni. Međutim, oni ne čine monofiletsku skupinu, što znači da se svi metanogeni ne sastoje od jednog pretka i svih njegovih potomaka. Postoji preko 50 vrsta, od kojih sve pripadaju domeni Archaea. Metanogeni ne zahtijevaju kisik, au nekim slučajevima ne mogu ni preživjeti u kisiku, iako bi mogli tolerirati njegovu prisutnost tijekom trajnih razdoblja.
Metanogeni su vrlo raznolika skupina. Oni koriste izvor ugljika, kao što je ugljični dioksid ili acetat, da pokreću svoj metabolizam, nazvan metanogeneza, zajedno s vodikom kao redukcijskim sredstvom. Stoga imaju ekološku korist uklanjanja viška vodika i ugljika iz anaerobnog okruženja. Metanogen koji metabolizira ugljični dioksid klasificira se kao hidrogenotrofni, dok se oni koji metaboliziraju acetat nazivaju acetotrofni ili acetiklastični.
Metanogeni imaju važnu ekološku funkciju pomažući u uklanjanju ugljičnog dioksida iz okoliša. Oni to čine po značajnoj cijeni, međutim, budući da proces metanogeneze također proizvodi metan, koji ima potencijal globalnog zagrijavanja 21 puta veći od potencijala ugljičnog dioksida. Taj se učinak na sreću može nadoknaditi korištenjem metana kao biogoriva.