Iako muffini od cjelovitih žitarica izgledom podsjećaju na male kolačiće, imaju konzistenciju kruha. Muffini od cjelovitih žitarica rade se od integralnog brašna umjesto bijelog. Muffini su napravljeni od tijesta koji se stavlja u pojedinačne čašice za muffine u obliku luka, premazane neljepljivim sprejom za kuhanje prije pečenja. Većina ljudi preferira maslacem muffine od cjelovite pšenice, iako se na njih mogu namazati i džem, žele ili konzerve. Mnoge varijacije muffina od cjelovite pšenice mogu se napraviti dodavanjem i drugih sastojaka, obično voća.
Za izradu muffina od cjelovitih žitarica može se kombinirati višenamjensko brašno i integralno pšenično brašno. Kako bi muffini dobili slatki okus, mnogi ljudi radije dodaju čvrsto upakirani smeđi šećer. Oni na dijetama s ograničenim unosom šećera možda će radije koristiti zamjenu za šećer. Biljno ulje i jaja su sastojci potrebni za formiranje tijesta i vlažne muffine. Prašak za pecivo pomoći će da se muffini pravilno dignu tijekom pečenja.
Razne vrste domaćih muffina od pšenice uključuju muffine za večeru ili muffine za desert. Desert muffini obično se poslužuju s marmeladom ili maslacem. Međutim, kao desert, dodani sastojci mogu dati muffini od cjelovitih žitarica bogatiji i slađi okus. Desertni muffini obično se pripremaju sa sastojcima kao što su svježe voće ili čak poluslatki komadići čokolade.
Kod djece popularni su muffini od cjelovite pšenice s komadićima čokolade. Ovi muffini mogu se poslužiti kao desert, međuobrok ili dodatak kutiji za ručak. Muffini od cjelovite pšenice s komadićima čokolade mogu se napraviti od poluslatkog pekarskog čokoladnog čipsa ili čipsa od mliječne čokolade. Osim jaja, praška za pecivo i biljnog ulja, mogu se dodati i drugi sastojci, poput granuliranog šećera i ekstrakta vanilije.
Pšenični muffini s jabukom i cimetom popularan su izbor za grickalice i deserte. Uz tradicionalne sastojke koji se koriste za pripremu pšeničnih muffina, ovaj recept zahtijeva mljeveni cimet i svježe jabuke koje su oguljene i narezane na kockice. Neobavezni sastojci koje mnogi pekari preferiraju su nasjeckani orasi ili nasjeckani kokos.
Muffini od cjelovite pšenice mogu se peći s većinom bilo kojeg voća. Svježe bobičasto voće još je jedan popularan izbor za dodavanje u pšenične muffine. Pšenični muffini s miješanim bobičastim voćem korisni su ako su napravljeni od svježih borovnica, jagoda i malina. Muffini od cjelovite pšenice breskve su još jedna varijanta, pripremljena sa svježim breskvama narezanim na kockice.
Neki radije peku muffine u mikrovalnoj pećnici kako bi uštedjeli vrijeme. Međutim, tradicionalna metoda je pečenje muffina u klasičnoj pećnici. Iako se pećnice mogu razlikovati, pečenje muffina na 350° Fahrenheita (176° Celzijusa) oko 25 minuta općenito je dovoljno.