Vrtlarima je dostupan niz prirodnih pesticida za kontrolu insekata, ali relativno malo prirodnih herbicida za iskorjenjivanje korova ili drugih invazivnih biljaka. Ono što postoje može učiniti više štete nego koristi ako se primjenjuje u pogrešnim uvjetima. Postoje, međutim, biljke koje djeluju kao prirodni herbicidi, kao što su crni orah, suncokret, šampinjon i pjegavi grm. Ove biljke izlučuju kemikalije koje mogu ubiti drugu biljnu vrstu koja raste u blizini. Proces određenih biljaka koje djeluju na taj način naziva se alelopatija.
Istraživači su vrlo zainteresirani za alelopatske kvalitete biljaka, budući da se kemikalije odgovorne za prirodne herbicide često mogu izolirati i rafinirati za komercijalnu upotrebu. Na primjer, znanstvenici su uspjeli ekstrahirati herbicidnu kemikaliju zvanu katehin iz korijena pjegave kleke, invazivnog korova koji se nalazi u zapadnim Sjedinjenim Državama. Ova se kemikalija može sintetizirati u većim razmjerima i primijeniti na niz drugih invazivnih biljaka. Mnogi takvi herbicidi su selektivni, što znači da njihove kemikalije ubijaju samo određene biljke, a ne sve što dotaknu.
Još jedna popularna vrsta prirodnog herbicida je stablo crnog oraha. Ulja ekstrahirana iz lišća drveća često se koriste u komercijalno proizvedenim herbicidima. Ekstrakte kemikalija koje se nalaze u suncokretu mogu koristiti i vrtlari koji rade organski.
Ostali prirodni herbicidi koriste se prvenstveno za suzbijanje rasta korova na komercijalnim travnjacima, kao što su golf igrališta i postavljeni travnjaci. Ovi herbicidi se smatraju pre-emergentima, što znači da uništavaju druge biljke u fazi klijanja, prije nego što biljka uspije uspostaviti korijenje. Jedan je kukuruzni glutenski obrok, koji je izvorno razvijen kao medij za uzgoj gljivica. Istraživači su otkrili da također inhibira klijanje drugih biljaka, posebno korova i trava, pa se obično primjenjuje na travnjake tijekom faze klijanja, tjednima prije nego što se pojavi prva vlat trave ili stabljika korova.
Istraživanja za otkrivanje više prirodnih herbicida su u tijeku. Neki stručnjaci za poljoprivredu primijetili su alelopatske pojave u običnih usjevnih biljaka poput ozime raži i pšenične slame. Poznato je da biljke raži, na primjer, utječu na rast određenog povrća. Neki istraživači vjeruju da bi pokrovni usjev raži, ili barem pokrivni malč koji sadrži raž, mogao djelovati na uništavanje korova između usjeva soje. Herbicidi na bazi žitarica mogli bi se modificirati kako bi ubili invazivne biljke, a poštedjele važne biljke.
Prirodni herbicidi mogu zvučati privlačnije od svojih kemijskih kolega, ali oni su još uvijek otrovne tvari koje mogu utjecati na ljude i stoku. Njihova primjena može zahtijevati iste sigurnosne mjere kao i primjena komercijalnih herbicida, tako da ljudi koji ih koriste nikada ne bi trebali brkati pojam “organski” s “netoksičnim”.