Patogene bakterije su bakterije koje mogu uzrokovati bolest. Ljudi su općenito najviše zainteresirani za vrste bakterija koje mogu uzrokovati bolesti kod ljudi, iako te bakterije mogu zaraziti i druge životinje i biljke. Neke značajne patogene bakterije uključuju Streptococcus, Staphylococcus, Tuberculosis i Escherichia coli, između mnogih drugih. Diljem svijeta ove bakterije uzrokuju mnoge bolesti i epidemije bolesti.
Unutarstanične bakterije su patogene bakterije koje uvijek uzrokuju bolest kada uđu u ljudsko tijelo, za razliku od uvjetnih bakterija koje u određenim okolnostima mogu uzrokovati infekcije i bolesti. Mnoge bakterije su uvjetovane, iskorištavajući slučajnost poput otvorene rane kako bi se duplicirale i širile bolest. Oportunističke bakterije su bakterije koje inače ne uzrokuju bolest, ali će biti ako pacijent ima narušen imunološki sustav.
Mnogi ljudi zapravo su domaćini velikom broju bakterija u bilo kojem trenutku. Ove bakterije su poznate kao komenzalne ili “dobre” bakterije, jer obavljaju neke vitalne i korisne funkcije u ljudskom tijelu. Komensalne bakterije u crijevima, na primjer, pomažu u razgradnji i probavi hrane.
Patogene bakterije mogu se širiti kroz ljudsku populaciju na različite načine. Zrak, voda i tlo uobičajeni su vektori, a ljudi također mogu prenositi bakterije izravno jedni na druge putem fizičkog kontakta. Neke su bakterije vrlo vješta u koloniziranju mjesta kao što su kvake na vratima i medicinska oprema, što im omogućuje da se s lakoćom kreću od osobe do osobe, dok su druge mnogo manje virulentne i umrijet će ako su predugo udaljene od ljudskog domaćina.
Tuberkuloza je jedan od vodećih svjetskih ubojica, što je čini patogenom bakterijom od posebnog interesa. Patogene bakterije odgovorne su i za crijevne probleme poput kroničnog proljeva, a mogu uzrokovati infekcije u mnogim dijelovima tijela. Neki su smrtonosni, poput bakterije Legionella, dok su drugi relativno benigni, osobito ako je moguće pristupiti liječenju. Jedan od najvećih problema u svijetu u razvoju je proliferacija izlječivih bakterijskih infekcija koje se nekontrolirano provlače kroz populacije zbog nedostatka pristupa lijekovima i medicinskom liječenju.
Liječenje infekcije patogenom bakterijom uključuje upotrebu antibiotika, lijekova koji su posebno formulirani za ubijanje bakterija. Neke bakterije su razvile otpornost na antibiotike, što znači da možda neće reagirati na mnoge uobičajene antibiotike. To prisiljava farmaceutske tvrtke da istražuju nove antibiotike kako bi mogle biti ispred bakterijskih mutacija.