Proteinski muffini razlikuju se od ostalih muffina samo po tome što sadrže velike količine proteina. Općenito, muffini sadrže više ugljikohidrata od bilo čega drugog, ali proteini nadmašuju ugljikohidrate – a ponekad i vlakna – u proteinskim muffinima. Aromatizirani proteini sirutke u prahu obično daju dodatni protein i dio okusa koji je prisutan u ovim pecivima, ali može doći i od obogaćenih napitaka i orašastih plodova. Sportaši i oni koji traže brz, zdrav doručak često konzumiraju proteinske muffine. Dodatni hranjivi sastojci mogu pružiti gorivo potrebno za duge treninge ili za održavanje sitosti do ručka.
Proteinski prašci koji se obično koriste za dobivanje dodatnih hranjivih sastojaka proteinskih muffina dolaze u vrlo širokom rasponu okusa. Čokolada i vanilija općenito su među najpopularnijima, iako su naranče i jagode također dostupne u nekim trgovinama. Internetske trgovine koje prodaju dodatke prehrani i hranu za izgradnju mišića često prodaju veći izbor okusa proteinskog praha od trgovina mješovitom robom. Oni koji su zainteresirani za izradu proteinskih muffina u mnogo različitih okusa možda će htjeti imati razne praškove za tu svrhu.
Većina recepata za muffine može postati puna proteina jednostavnim dodavanjem mjerice ili dvije proteinskog praha. U receptu se obično ne trebaju vršiti nikakve druge prilagodbe jer je dodatni prah relativno lagan i dobro se miješa s većinom brašna. Neki recepti mogu zahtijevati malo više tekućine kako ne bi postali suhi i mrvljivi.
Drugi način za dodavanje više proteina u muffine je korištenje napitaka obogaćenih proteinima. Obogaćena mlijeka, obogaćeni sok od naranče i proteinski šejkovi ne samo da dodaju hranjive tvari muffinima, već daju i okus. Mlijeko od orašastih plodova i zobi često sadrže više proteina od običnog mliječnog mlijeka, iako neki kuhari mogu pronaći kravlje mlijeko obogaćeno dodatnim proteinima. Sok od naranče često sadrži hranjive tvari i može biti ukusan dodatak muffinima od jagoda, banane i drugog voća. Proteinski shakeovi su često slatki i čokoladni, što ih čini ukusnim u cappuccinu ili čokoladnim muffinima.
Orašasti plodovi i sjemenke također mogu muffinima dati dodatnu količinu proteina. Bogati hranjivim tvarima za izgradnju mišića i dobrim mastima, orasi, pistacije, makadamija, kikiriki i bademi obično su ukusni u proteinskim muffinima. Oni koji ne vole orašaste plodove ili su alergični na njih, mogli bi ih zamijeniti sjemenkama bundeve, suncokreta ili maka. Bilo koji od ovih sastojaka može dodati hrskavost i orašastost proteinskim muffinima.
Posljednji mogući sastojak proteinskih muffina su zobene pahuljice. Ova žitarica obično sadrži više proteina od obogaćenog bijelog ili pšeničnog brašna, a pečenim proizvodima daje gustu teksturu za žvakanje u kojoj bi neki pekari mogli uživati. Jednostavna zamjena mjerice ili dvije brašna zobenim pahuljicama ne samo da dodaje proteine, već i vlakna i okus.