Sekundarne boje su boje nastale spajanjem dvije primarne boje. Točna priroda primarnih i sekundarnih boja ovisi o tome koji se sustav boja koristi, posebno s obzirom na to jesu li boje koje se koriste svijetle, pigmentne ili boje. Svaki od ovih sustava ima različite sekundarne, zbog različitih primarnih, boja. Međutim, bez obzira na razlike između različitih oblika boja, sekundarne boje uvijek nastaju na isti način – kombiniranjem dvije primarne boje.
Kada se raspravlja o bojama, bilo primarnim ili sekundarnim, važno je utvrditi medij u kojem se boja koristi. Boja se u osnovi može definirati na dva načina: aditivni sustavi boja i sustavi subtraktivnih boja. Aditivne boje su u osnovi obojeni oblici svjetlosti, u kojima se kombiniranjem ili zbrajanjem različitih boja svjetla stvaraju nove boje. Subtraktivni sustavi odnose se na pigment ili boju u kojoj se boja stvara apsorbiranjem ili oduzimanjem određenih valnih duljina svjetlosti i reflektiranjem drugih valnih duljina koje stvaraju izgled određenih boja.
U sustavu aditiva, kao što je obojeno svjetlo s monitora ili projektora, tri primarne boje su crvena, plava i zelena. Tri sekundarne nijanse su magenta, žuta i cijan, koje su kombinacije svake od njih: magenta od crvene i plave, žuta od crvene i zelene i cijan od plave i zelene. Kada se sve tri primarne boje svjetla spoje zajedno, one stvaraju bijelo svjetlo.
Subtraktivni sustavi imaju različite sekundarne boje, ovisno o vrsti sustava koji se koristi. Pigment, koji se obično koristi za ispis slika, ima cijan, magenta i žutu kao tri osnovne boje. Sekundarne nijanse za pigment su tada plave, od cijan i magenta; crvena, od magenta i žuta; i zelena, od cijan i žute. Kako se ti pigmenti kombiniraju, stvaraju tamnije boje, dok se kombiniranjem svjetla stvara svjetlija boja; kombinirajući sve tri primarne subtraktivne boje stvara se crna ili mutno smeđkasto siva. Vrijedi napomenuti da pigment i svjetlost imaju suprotne sekundarne i primarne boje.
Tri sekundarne boje koje se često poučavaju i o kojima se raspravlja u likovnim učionicama su one koje se temelje na boji, što je također subtraktivni sustav. Boja koristi crvenu, plavu i žutu kao tri primarne boje i narančastu, ljubičastu i zelenu kao sekundarne boje. Kada se spoje, crvena i žuta stvaraju narančastu, crvena i plava stvaraju ljubičastu ili ljubičastu, a plava i žuta stvaraju zelenu. Postoje i tercijarne boje koje se mogu stvoriti kombiniranjem sekundarne i primarne boje, iako se one rjeđe koriste.