U mozgu se limbički sustav sastoji od nekoliko struktura koje pomažu u regulaciji pamćenja i emocija. Jedna komponenta ovog sustava, poznata kao septalne jezgre ili septalno područje, uključena je u inhibiciju straha i izražavanje ugodnih odgovora. Ova struktura prima ulaz, kao i šalje izlaz, u mnoge dijelove mozga, uključujući druge strukture limbičkog sustava, i talamus, koji usmjerava dolazne podražaje iz većine osjetilnih sustava.
Blizu središta mozga, odmah ispod corpus callosum, nalaze se septalne jezgre, smještene u blizini mnogih struktura s kojima je u interakciji. Ovo je snop živaca koji povezuju hemisfere mozga. Iz evolucijske perspektive, čini se da je ovo područje bilo izdanak hipokampusa, strukture u limbičkom sustavu uključene u pamćenje. Posljedično, postoje jake veze između ove dvije regije.
Živčane projekcije posreduju u hipokampalnim vezama s moždanim deblom i hipotalamusom, koji su oboje uključeni u automatske procese. Čini se da medijalni i lateralni dijelovi septalnog područja reguliraju interakciju ova tri područja. Funkcionalno, to omogućuje tim jezgrama da reguliraju formiranje i vraćanje memorije hipokampusa kao odgovor na uzbuđenje, što je posredovano hipotalamusom i moždanim deblom.
Područje mozga uključeno u izražavanje straha i drugih emocija koje se zove amigdala, također je regulirano kroz septalne jezgre. Kao i njegove veze s hipokampusom, te jezgre reguliraju interakciju s hipotalamusom. Uzbuđenje i aktivacija amigdale mogu rezultirati seksualnim ponašanjem i fizičkim kontaktom. Inhibicijski signali koje šalje septalno područje moduliraju ovaj odgovor i potiču diskriminirajući kontakt. Neki istraživači vjeruju da ova inhibicija pridonosi stvaranju bližih, dugotrajnijih emocionalnih veza.
Dijelovi septalnih jezgri služe kao centar za nagradu, što znači da stvara ugodne odgovore na određene podražaje. Ovi odgovori pomažu u stvaranju osjećaja nagrade za određena ponašanja. Studije na životinjama pokazale su da kada se implantiraju uređaji koji omogućuju štakorima da izravno stimuliraju ovo područje, oni će to učiniti više puta kako bi doživjeli ugodan osjećaj.
Određeni mentalni poremećaji mogu uključivati promjene na jezgri septuma. Utvrđeno je da osobe s bipolarnim poremećajem i shizofrenijom imaju nižu gustoću stanica u ovom području u usporedbi sa zdravim ispitanicima. Također je pronađena korelacija kod osoba s velikim depresivnim poremećajem, pri čemu je duljina vremena koje su imali njihov poremećaj bila povezana s nižom gustoćom stanica. Ova interakcija je vjerojatno zbog važnosti područja septuma u emocionalnoj regulaciji.