Identifikacija bakterija je proces koji se koristi za utvrđivanje identiteta specifičnih bakterija. Važan je dio medicinskog liječenja, budući da mnogi tretmani uvelike ovise o identitetu određenog organizma koji uzrokuje medicinski problem, a također je važan dio znanstvenog istraživanja. Brojne tehnike se koriste u identifikaciji bakterija, a nove tehnike se stalno smišljaju kako ljudi uče više o bakterijama i razvija se nova medicinska oprema.
Prva faza u identifikaciji bakterija uključuje stvaranje izolata, radnog uzorka dotične bakterije. Izolati počinju s malim obrisom sumnjive bakterije uzetim od pacijenta ili predmeta. Izolat se stvara pronalaskom medija za rast koji će podržati bakterije i uspješnim uzgojem dovoljnog broja bakterija za proučavanje. To može biti pravi izazov, jer su bakterije vrlo izbirljive i neće rasti u bilo kojem mediju. Također je važno izbjeći kontaminaciju medija za rast ili uzorka, jer to može dovesti do zbunjujućih rezultata.
Nakon što se bakterija uzgaja, može se koristiti širok raspon alata za pružanje tragova o njezinom identitetu. Jedna od najosnovnijih je boja po Gramu, koja pomoću kemijske boje dijeli bakterije na Gram-pozitivne i Gram-negativne bakterije. Druge mrlje mogu se koristiti za povećanje kontrasta, čime se bakterije lakše vide pod mikroskopom. Vizualna identifikacija pod mikroskopom obično se može postići s poznatim vrstama bakterija, osobito onima s prepoznatljivim oblikom.
U arsenalu za identifikaciju bakterija ima više alata. Istraživač može koristiti serološke metode, koje uključuju izlaganje uzorka nepoznatih bakterija raznim antitijelima kako bi vidjeli postoji li reakcija, ili sekvenciranje gena, u kojem se otkriva genetski kod bakterije. Sekvenciranje gena također se može koristiti za razlikovanje između dva blisko povezana soja bakterija, pružajući informacije o tome zašto jedan soj reagira na određeni tijek lijekova, a drugi ne. Također se mogu proučavati odgovori na razne kemikalije i podražaje poput ultraljubičastog zračenja.
Identifikacija bakterija se klasično provodi u laboratoriju, budući da laboratoriji imaju medicinsku opremu, kemikalije i alate koji se mogu koristiti u otkrivanju identiteta bakterije. Neki su laboratoriji specijalizirani za uzgoj i identificiranje uzoraka iz bolnica i medicinskih klinika, dok se drugi fokusiraju na istraživanje, identificiranje uzoraka novih i nepoznatih bakterija kako bi se mogle klasificirati. Laboratorijsko okruženje strogo je kontrolirano kako bi se spriječila kontaminacija i slučajna infekcija laboratorijskih radnika, a posebno virulentni organizmi se proučavaju u visoko-sigurnosnim laboratorijima koji uključuju nekoliko slojeva zaštite za znanstvenike.