Postoji mnogo različitih uzroka boli u sfinkteru jednjaka. Jedna od najčešćih je gastroezofagealna refluksna bolest. Ostali uzroci uključuju difuzne grčeve jednjaka, jednjak s oraščićem i preosjetljivi jednjak. Mnogi slučajevi boli u jednjaku imaju slične simptome kao i zatajenje srca, pa je potrebna pravilna liječnička dijagnoza kako bi se isključila bolest srca.
Jedan od najčešćih uzroka boli sfinktera jednjaka je gastroezofagealna refluksna bolest, također nazvana GERB. Donji sfinkter jednjaka obično ostaje zatvoren, osim kada dopušta da hrana prođe u želudac kako bi se spriječilo izlijevanje želučane kiseline i hrane natrag u jednjak. Ako je sfinkter oslabljen od prejedanja, hijatus hernije ili bilo kojeg drugog razloga, štetna želučana kiselina može ući u jednjak, uzrokujući bol.
Bol u sfinkteru jednjaka ponekad je uzrokovana grčevima jednjaka. Postoje dvije različite vrste grčeva jednjaka, uključujući difuzne grčeve jednjaka i jednjak orašara. Jednjak se kontrahira kada je zdrav i služi za premještanje hrane iz grla u želudac radi probave. Ponekad postoje poremećaji u ovom sustavu koji mogu uzrokovati bol u jednjaku.
Difuzni grčevi jednjaka nastaju kada normalne kontrakcije koje potiskuju hranu ne funkcioniraju ispravno. Ovaj se poremećaj najčešće manifestira istovremenom kontrakcijom nekoliko dijelova jednjaka. Kada se jednjak kontrahira nepravilno, hrana se može zaglaviti na mjestu, ne može se pomaknuti u želudac, uzrokujući bol. Točan uzrok ovog poremećaja nije poznat, ali se najčešće javlja kod odraslih žena bijelca. Neke teorije o uzroku ove disfunkcije uključuju želučani refluks, primarni živčani ili motorički poremećaj ili kompresiju krvnih žila u vagusnom živcu.
Orašast jednjak je još jedan uzrok boli u sfinkteru jednjaka koji je vrlo sličan difuznim grčevima jednjaka. Ovaj poremećaj nastaje kada su kontrakcije u jednjaku u pravilnom slijedu da potiskuju hranu, ali intenzitet kontrakcija je više od dva puta jači od normalnih kontrakcija. Uzrok ovog poremećaja, poput difuznih grčeva jednjaka, nije poznat.
Preosjetljivost jednjaka je još jedan mogući uzrok boli u sfinkteru jednjaka. Preosjetljivost jednjaka nastaje kada normalni procesi u jednjaku pokreću abnormalne osjećaje boli. Uzrokuje ga disfunkcija receptora za bol, što rezultira smanjenim pragom boli. Jednjak sadrži kemoreceptorske živce, mehanoreceptorske živce i termoreceptorske živce, koji mogu biti pretjerano stimulirani, uzrokujući bol.