Biseri dolaze u raznim bojama i nijansama, od bijele, krem i ružičaste do crne s plavim, zelenim ili ljubičastim nijansama. Mnogi čimbenici su odgovorni za boju bisera, ali to je uglavnom slučaj. Kamenica s crnom usnom obično ne stvara bijeli biser, a vrlo je rijetko da druge kamenice proizvode crni biser. Osim toga, međutim, malo je sigurnosti o tome koje boje bisera možete očekivati da ćete ubrati od određenih kamenica ili određenih područja.
Materijal koji čini biser, poznat kao sedef, kamenica luči kao odgovor na iritant unutar školjke. Prirodni biseri su iznimno rijetki i skupi i sastoje se od koncentričnih slojeva sedefa oko moguće mikroskopskog izvornog iritansa, kao što je komad pijeska. Kultivirani biseri nastaju uvođenjem jezgre ljuske, obično savršeno okrugle, i dopuštajući da se oko nje formira nekoliko slojeva sedefa.
Čimbenici koji pridonose boji bisera uključuju vrstu kamenice, debljinu i broj slojeva sedefa, te moguće elemente u tragovima u vodenom okolišu kamenice. Proizvođač bisera također može utjecati na boju bisera u određenoj mjeri uvođenjem tkiva druge kamenice u kamenicu domaćina zajedno s jezgrom školjke. Boja bisera određena je kombinacijom čimbenika: osnovne boje, prizvuka i preljeva. Kultivirani biseri također se ponekad boje.
Što je sedef deblji, to će boja bisera biti bogatija i više šarenice. Tanki sedef obično stvara biser mliječnog izgleda s nekoliko prizvuka. Šarenica bisera nastaje zbog preklapajućih slojeva prozirnog sedefa.
Boja bisera može ili ne mora utjecati na njegovu cijenu, iako ujednačenost boje čini bisere vrijednijim. Crni biseri su nekada bili prilično rijetki i vrlo vrijedni, ali su danas kultivirani i posljedično mnogo dostupniji. Prirodni bijeli biseri rjeđi su i vrijedniji od kultiviranih crnih bisera. Najbolja boja uvelike je stvar osobnog izbora, ili ono što najviše laska tonu kože, iako regionalne preferencije postoje i mogu utjecati na cijenu.