Gardnerov sindrom uzrokovan je mutacijom gena za adenomatoznu polipozu coli (APC), koja se prenosi genetskim putem. Može se prenijeti od oca ili majke. U svakoj stanici postoje dvije kopije svakog gena, pa čak i ako pacijentova majka ima Gardnerov sindrom, bit će zahvaćena samo jedna kopija gena, te stoga postoji oko 50 posto šanse da će zahvaćena verzija APC gena biti prenijeli na pacijenta.
Gardnerov sindrom je oblik obiteljske adenomatozne polipoze (FAP), koja uzrokuje rast nekoliko nekanceroznih tumora na unutarnjoj strani crijevnog trakta. Stanice unutar crijevne sluznice spajaju se i stvaraju izrasline, a oboljeli obično imaju više adenomatoznih polipa u debelom crijevu do sredine 30-ih godina. Prisutnost stanja, osobito ako se ne liječi, dovodi do značajno povećanog rizika od razvoja kolorektalnog karcinoma ili drugih karcinoma kao što je rak želuca.
Sindrom se prenosi putem gena, pa je razumijevanje ovog odnosa od vitalnog značaja za razumijevanje načina na koji se genetska mutacija može prenijeti. Ako netko pati od sindroma, imat će jednu mutiranu verziju APC gena i jednu nemutiranu verziju. Šansa da se mutirani gen prenese na njegovu djecu je samo 50 posto. Ako oba roditelja imaju neispravnu verziju APC gena, postoji samo 25 posto šanse da će dijete dobiti oba pogrešna gena.
Šanse za dobivanje Gardnerovog sindroma su male jer se smatra da je stanje vrlo rijetko. Šanse da će oba roditelja imati ovo stanje vrlo su male ako nisu u srodstvu. Međutim, 30 posto ljudi koji imaju FAP zapravo ima novu mutaciju gena, što znači da nema obiteljske povijesti bolesti. FAP je veće stanje čiji je podtip Gardnerov sindrom, pa postoji mogućnost da je moguć negenetski razvoj stanja.
Ljudi koji imaju nekoliko polipa debelog crijeva i druge tumore poput osteoma, koji su tumori kostiju koji se obično nalaze na čeljusti, općenito se testiraju na Gardnerov sindrom ili FAP. Za testiranje stanja uzima se uzorak krvi i ispituje se na mutaciju APC gena. Ako se mutacija pronađe u jednoj obitelji, šansa da bliski srodnici poput braće i sestara imaju to stanje je također 50 posto, što znači da će se morati testirati.