Općenito, postoje dvije vrste mrlja na skeniranju kostiju. Vruće točke nastaju kada se radioaktivni materijal ili tragač nakuplja u dijelovima kosti. Hladne mrlje nastaju na područjima gdje se tragač nije nakupio. Gubitak koštane mase može uzrokovati hladne točke, dok artritis, infekcije ili slomljene kosti mogu uzrokovati vruće točke. Tumori i rak mogu uzrokovati bilo koju vrstu.
Neki karcinomi, kao što su rak prostate, pluća i dojke, uzrokuju vruće točke na skeniranju kostiju kada je rak metastazirao ili se proširio na kost. Rak kostiju također će se pojaviti kao žarišta. Ta tamna područja su posljedica rasta viška tkiva i nakupljanja tragača.
Vruće točke mogu se pojaviti i zbog infekcija ili bolesti u kostima, poput Pagetove bolesti kostiju, koja dovodi do bolnih i krhkih kostiju. Osoba s Pagetovom bolešću ne metabolizira kosti pravilno, tako da se stare kosti mogu brže razgraditi nego što nastaju nove. Kako bolest napreduje, nove kosti se formiraju prebrzo da bi nadoknadile propadanje starih kostiju, a novo tkivo se ne formira u potpunosti i može biti mekano i slabo.
Osteomijelitis, vrsta infekcije kostiju, također će uzrokovati žarišta. Infekciju obično uzrokuje bakterija Staphylococcus, koja može zaraziti kosti, kao i zglobove. Osoba može dobiti infekciju kostiju kada zadobije ubodnu ranu ili slomljenu kost. U nekim slučajevima, bakterije mogu ući u tijelo kada se slomljena kost liječi.
Hladne mrlje na snimku kostiju ukazuju na to da se tragač nije nakupio u tom dijelu kosti. Gubitak protoka krvi u kosti ili infarkt kosti mogu uzrokovati ovu vrstu mrlja. Kada osoba doživi infarkt kosti, dio kosti koji više ne prima krv može umrijeti, što dovodi do kolapsa.
Drugi uzrok hladnih mrlja na snimku je multipli mijelom, vrsta raka koja uzrokuje da tijelo proizvodi višak plazme ili bijelih krvnih stanica. Te stanice tada preuzimaju koštanu srž, smanjujući broj crvenih krvnih stanica. Plazma stanice također mogu formirati male tumore na kosti i oštetiti kost.