Pothranjenost kod djece uzrokovana je i vanjskim i unutarnjim čimbenicima. Djeca postaju pothranjena kada ishranom ne primaju odgovarajuću količinu hranjivih tvari, poput vitamina i minerala. U nekim slučajevima dolazi do pothranjenosti jer dijete ima bolest koja sprječava njeno tijelo da apsorbira potrebne hranjive tvari. U drugim slučajevima djeca su pothranjena jer nemaju dovoljno hrane.
Stanja koja mogu uzrokovati pothranjenost kod djece ako se ne liječe pravilno uključuju celijakiju i netoleranciju na laktozu. Djeca s celijakijom ne podnose gluten, protein koji se nalazi u pšenici i nekim drugim žitaricama. Kod celijakije djetetov imunološki sustav napada gluten, što može dovesti do oštećenja crijeva, sprječavajući apsorpciju hranjivih tvari.
Znakovi da dijete možda pati od pothranjenosti uzrokovane celijakijom uključuju gubitak težine i anemiju. Dijete također možda neće dobiti dovoljno kalcija, što dovodi do rahitisa ili omekšanih kostiju. Simptomi celijakije također uključuju nadutost i proljev.
Netolerancija na laktozu je još jedno stanje koje može dovesti do pothranjenosti kod djece. Mnoga djeca trebaju mliječne proizvode kako bi unijela odgovarajuću količinu kalcija u svoju prehranu. Djeca koja ne podnose laktozu ne mogu pravilno probaviti mlijeko i druge mliječne proizvode i mogu ih izbjegavati. Jedan od načina da se izbjegne pothranjenost kod djece uzrokovana netolerancijom na laktozu je da djeca jedu druge izvore kalcija, poput lisnatog povrća i orašastih plodova.
Još jedno zdravstveno stanje koje može uzrokovati pothranjenost je cistična fibroza. Kada dijete ima cističnu fibrozu, stanice sluznice proizvode gustu sluz koja začepljuje dišne putove, kao i cijevi koje povezuju crijeva i gušteraču. Veza između gušterače neophodna je za prijenos enzima koji pomažu djetetovu tijelu da apsorbira proteine i vitamine A, C i K. Kada su cijevi začepljene, može doći do pothranjenosti.
Neke bebe i djeca mogu postati pothranjeni ako pate od stanja koje jedenje čini neugodnim. Beba s bolešću refluksa kiseline može odbijati jesti. Ako se stanje ne liječi, može razviti disfagiju, što čini gutanje bolnim ili u nekim slučajevima nemogućim.
Nedostatak adekvatne prehrane još je jedan od uzroka pothranjenosti djece. Vrlo malo dijete može postati pothranjeno ako ne dobije odgovarajuću prehranu od svoje majke odmah nakon rođenja. Djeca u zemljama u kojima je oskudna hrana ili gdje je siromaštvo u velikoj mjeri izložena su većem riziku od pothranjenosti od djece koja žive u razvijenim zemljama, gdje je mnoga hrana obogaćena dodatnim vitaminima i hranjivim tvarima.