John Edgar Hoover najkontroverzniji je direktor FBI-a u povijesti SAD-a. Iako je za života bio vrlo cijenjen, kontroverze su se rasplamsale nakon njegove smrti 1972. Prema određenim izvorima, J. Edgar Hoover zlorabio je svoj autoritet, progoneći određene osobe zbog njihovih političkih uvjerenja, a ne zbog kriminalnih aktivnosti.
Rođen 1. siječnja 1895., J. Edgar Hoover diplomirao je pravo na Sveučilištu George Washington i gotovo odmah počeo raditi za Ministarstvo pravosuđa. Njegova brza dosjetljivost i visoka inteligencija doveli su do niza promaknuća, a do 1924. godine bio je imenovan za šefa BOI-a (Bureau of Investigation), kasnije preimenovanog u FBI. Ostao je glavni ravnatelj 49 godina, što je bio potez koji su jako kritizirali i predsjednici i policija. Nakon njegove smrti, FBI je donio zakon kojim se direktori FBI-a ograničavaju na desetogodišnji mandat.
J. Edgar Hoover zaslužio je priznanje za hapšenje pripadnika njemačkih podmornica koje su harale američkom obalom tijekom Drugog svjetskog rata. On je također bio odgovoran za stvaranje bolje, veće verzije datotečnog sustava otiska prsta, što je dovelo do stvaranja FBI laboratorija. J. Edgar Hoover stvorio je FBI-jevu akademiju za obuku i usredotočio se na regrutiranje više agenata za proširenje agencije.
S druge strane, J. Edgar Hoover je stekao reputaciju zbog političkog progona, posebno protiv onih za koje je smatrao da su “krivi” za prihvaćanje komunizma ili narušavanje mira. To je uključivalo mnoge nepolitičke osobe kao što su Martin Luther King, Jr., Charles Chaplin i Stranka crnih pantera. J. Edgar Hoover također je bio vrlo kritiziran jer nije dublje ušao u atentat na predsjednika Johna F. Kennedyja. Dok je FBI vodio istragu, agencija je odbila razmotriti ideju zavjere, što je navelo druge da vjeruju u umiješanost insajdera u JFK-ovu smrt. J. Edgar Hoover držao je tajne dosjee o mnogim najvišim političkim vođama svog vremena, za koje mnogi vjeruju da je koristio za kontrolu i zastrašivanje moćnih osoba.
J. Edgar Hoover je tijekom svoje karijere bio vrlo popustljiv prema mafiji. Stručnjaci misle da je to zato što su različite mafijaške organizacije imale proklete informacije o Hooverovom tajnom životu kao homoseksualcu i krošenju, kojima su ga ucjenjivale da se pokori. Je li to istina ili ne, tema je vrućih rasprava već desetljećima, a do danas ostaje nejasno.