Metoda sačmarice koristi se za sekvenciranje dugih niti molekule deoksiribonukleinske kiseline (DNA). Oslanja se na drugu metodu sekvenciranja DNK koja se zove metoda prekida lanca. Metodom sačmarice znanstvenici sekvenciraju dijelove DNK lanca i koriste rezultate za stvaranje kontinuiranog slijeda.
Sekvenciranje je proces pronalaženja atomskog sastava molekule i istraživanja kemijskih veza koje ujedinjuju te atome. U DNK, sekvenciranje se koristi za pronalaženje redoslijeda u kojem se određene molekule pojavljuju. Te se molekule nazivaju nukleotidi. Četiri nukleotidne baze su adenin, gvanin, citozin i timin.
Jedan od načina sekvenciranja dugih niti DNK je korištenje metode sačmarice. U ovoj metodi, DNK se razbija na nasumične fragmente. Rezultirajući segmenti se zatim sekvenciraju korištenjem metode koja se naziva metoda prekida lanca. Završetak lanca je metoda izbora za kratke sekvence DNA. Koristi malo jakih kemikalija i manje količine radioaktivnosti nego druge metode kratke sekvence.
U metodi prekida lanca, lanac DNA se dijeli na četiri sekvencijske reakcije. Svaki sadrži sva četiri nukleotida i enzim koji djeluje kao katalizator, nazvan DNA polimeraza. Dideoksinukleotid, koji je u osnovi nukleotid kojem nedostaje dio svoje šećerne sekvence, zatim se dodaje svakoj reakciji sekvenciranja. Nakon obrade ovih reakcija, znanstvenici ih mogu slikati i pročitati DNK sekvencu.
Tijekom shotgun metode sekvenciranja DNK, sve se to događa nekoliko puta koristeći različite nasumične fragmente DNK. To rezultira višestrukim preklapanjem dijelova sekvencirane DNK. Računalni program zatim koristi preklapajuće dijelove za stvaranje kontinuiranog slijeda DNK.
Problem s metodom sačmarice je taj što je DNK nevjerojatno složen. Često sadrži ponavljajuće sekvence koje izgledaju isto, ali dolaze iz različitih dijelova DNK. Kompletan skup ljudske DNK, nazvan ljudski genom, ima više od tri milijarde parova baza. Jedini način da budete sigurni da je postavljanje ponavljajućih sekvenci ispravan je napraviti više nasumičnih očitanja tako da se svaki dio sekvencira više puta. Čak i tako dolazi do grešaka.
Metoda sekvenciranja sačmarica bila je vrhunac sekvenciranja DNK do otprilike 2005. Od tada su znanstvenici stvorili sekvenciranje sljedeće generacije, koje radi mnogo brže. Točnost pojedinačnih očitanja manja je nego kod sekvenciranja sačmarica, ali znanstvenici to kompenziraju time što mogu napraviti više očitanja u kraćem vremenu.