To pitanje ima puno povijesti, nijansi i složenosti, ali jedan od primarnih razloga zašto je Pakistan stvoren bio je zbog religije. Prostrana kopnena masa koja je bila kolonijalna Indija pod britanskom vlašću bila je podijeljena na tri različita mjesta. Svaki od njih je stvoren jer je većina njegovih stanovnika obožavala jednu od dvije religije, hinduizam i islam. To se dogodilo 1947. godine.
Pokret za neovisnost u Indiji ozbiljno je započeo u posljednjoj polovici 19. stoljeća. Tada je dobio snagu početkom 20. stoljeća, kada je nacionalizam zahvatio Aziju i Afriku kao što je imao i Europu stoljeće prije. Križari kao što je Mohandas Gandhi započeli su kampanju za neovisnost od Britanije. Kampanja za neovisnost dobila je međunarodni fokus, velikim dijelom zahvaljujući postupcima Gandhija i nekolicine drugih hrabrih ljudi, a pritisak je konačno bio prevelik da bi Britanija mogla zanemariti.
Indija, međutim, nije bila samo jedna zemlja puna istomišljenika kada je u pitanju bogoslužje. Dvije fundamentalno različite religije dominirale su duševnim krajolikom druge najmnogoljudnije zemlje na svijetu. Sukob između sljedbenika te dvije vjere nadilazio je podjelu kolonijalne Indije na Indiju i Pakistan. Hinduizam, jedna od najstarijih svjetskih religija, imao je milijune sljedbenika koji su živjeli u Indiji. Islam je također učinio, iako je njegova povijest bila mnogo kraća.
Britanci su podijelili kolonijalnu Indiju prema zabrinutosti stanovništva. Indiju su tada i dalje naseljavaju uglavnom hindusi. Pakistan je, s druge strane, imao i ima pretežno muslimansko stanovništvo. Međutim, ni jedno ni drugo nije homogeno, a podjela je odvojila mnoge ljude od njihovih obitelji.
Slično kao što je to učinila izgradnja Berlinskog zida, podjela Indije stvorila je onoliko problema koliko i riješila. Indija je bila uglavnom hinduistička zemlja, da, ali je imala značajnu muslimansku manjinu. Isto je vrijedilo, obrnuto, za Pakistan, koji su zapravo dva krajolika za početak. 1947. Pakistan je zapravo bio Zapadni i Istočni Pakistan, s Indijom u sredini. Indija je obje zemlje podijelila bez načina da ih poveže. Istočni Pakistan postao je Bangladeš 1971.
Iznenadna podjela kolonije na dvije odvojene zemlje dovela je do masovnog egzodusa. Muslimani su otišli u Pakistan, a hindusi u Indiju. Prema nekim procjenama “razmjena stanovništva” iznosi više od 14 milijuna. Egzodusi su doveli do masovnog kaosa i histerije, često popraćenih nasiljem. U mnogim slučajevima, masakri temeljeni na vjeri događali su se iza granica zemlje.
Još jedna velika točka ponekad nasilne debate između Indije i Pakistana je područje između dviju zemalja na koje polažu pravo obje zemlje. Dio ovog područja, poznatog kao Kašmir, bio je mjesto brojnih sukoba i jedno je od najmilitariziranijih područja teritorijalnih sporova, s područjima pod kontrolom Pakistana, Indije i Kine. Sukobi oko ove regije i oko drugih ozbiljnih pitanja doveli su do eskalacije utrke u naoružanju između Indije i Pakistana, pri čemu obje strane tvrde da posjeduju nuklearno oružje.