Sir od sirovog mlijeka proizvodi se od mlijeka koje nije pasterizirano, a neki medicinski stručnjaci smatraju da nosi zdravstvene rizike koji nisu povezani s pasteriziranim sirevima. O siru od sirovog mlijeka i njegovim relativnim opasnostima vode se velike rasprave, iako je opći konsenzus da ga trudnice i osobe s imunodeficijencijom trebaju izbjegavati. Vjeruje se da je ovaj sir opasan jer nosi veći rizik od bakterijske infekcije od sireva od pasteriziranog mlijeka, osobito ako se s njim loše rukuje.
Kada se mlijeko pasterizira, zagrijava se na visoku temperaturu i tamo se drži određeno vrijeme kako bi se ubile štetne bakterije kao što su Listeria, E. Coli, campylobacter, salmonella i druge. Pasterizirano mlijeko nije tehnički sterilno; jednostavno nosi manji potencijalni rizik od bakterija nego sirovo mlijeko. Svi svježi sirevi bogati vlagom u Sjedinjenim Državama napravljeni su od pasteriziranog mlijeka zbog zabrinutosti za infekciju. Ipak, još uvijek je moguće da se pasterizirano mlijeko kontaminira, a kao i svaki drugi proizvod s njim treba pažljivo rukovati i držati ga u odgovarajućem hladnjaku.
Sirovi mliječni sir vjerojatnije će sadržavati štetne bakterije, jer se bakterije nikada ne ubijaju procesom pasterizacije. Kao rezultat toga, ako se mlijeko kontaminira bilo kojom bakterijom tijekom procesa mužnje ili proizvodnje sira, te će se bakterije pojaviti u konačnom proizvodu. Potrošači bi tada bili izloženi bakterijama koje bi mogle uzrokovati bilo što, od blage želučane tegobe do smrti. Iz tog razloga mnoge zemlje, uključujući Sjedinjene Države, ograničavaju prodaju sirovog mliječnog sira zbog zabrinutosti za javno zdravlje.
Duga je kulinarska tradicija sira od sirovog mlijeka, a neki potrošači smatraju da je superiorniji od pasteriziranog sira. Iz tog razloga traže sireve napravljene od sirovog mlijeka, spremni riskirati bakterijsku infekciju u potrazi za kulinarskim užitkom. Kako sir stari, postaje kiseliji, što znači da je sir od sirovog mlijeka koji je stariji mnogo sigurniji za jelo. Neke organizacije poput Uprave za hranu i lijekove smatraju da okus nije vrijedan zdravstvenog rizika i ne odobravaju konzumaciju mliječnih proizvoda od sirovog mlijeka.
U konačnici, rasprava o sirovom mlijeku u odnosu na pasterizirani mliječni sir odnosi se na kontrolu infekcije i kontaminacije. Velike epidemije bolesti koje se prenose hranom mogu se prenijeti pasteriziranim mlijekom koje je kontaminirano proizvodnim procesom jednako lako kao i sirovo mlijeko. Općenito, s proizvodima od mlijeka i sira treba postupati pažljivo i odbaciti ih ako potrošaču izgledaju, imaju miris ili okus.
Pasterizacija je samo jedan dio kontrole infekcije, a mljekara koja se održava čistom i sterilnom trebala bi proizvoditi zdravo mlijeko. Ako se kravama dopusti da lutaju, održavaju ih čistima i ako im se pruži odgovarajuća veterinarska skrb, također će biti manje vjerojatno da će nositi potencijalno štetne bakterije koje će prenijeti na potrošače. Prilikom kupnje sira od sirovog mlijeka, izvrsna je ideja otići do izvora kako biste prije kupnje proizvoda od sira mogli osobno provjeriti uvjete čistoće. Svaka ugledna mljekara sa zadovoljstvom može gostima pokazati svoj objekt, pokazujući korake poduzete za smanjenje rizika od bakterijski kontaminiranog mlijeka.