Zemlja je bogata biološkim materijalom koji se možda ne može u potpunosti razumjeti. Često je slučaj da lokalna područja, posebno udaljena, koriste biološke lijekove za bolesti koje nisu proizvedene u laboratoriju i koje još nije pakirala i patentirala neka tvrtka. Veliki potencijal postoji u ovim tradicionalnim lijekovima iz malih zemalja, a to je dovelo do povećanog interesa, posebno naprednih zemalja, za pronalaženje potencijalnih korisnih bioloških tvari, njihov daljnji razvoj i patentiranje. Ova potraga se često naziva bioprospekcijom, ali je također mogu nazvati biopiratijom od strane onih koji ne odobravaju povremeno eksploatativne metode koje koriste velike tvrtke koje žele biti prve koje patentiraju novootkriveni biološki “lijek”, koji se ponekad naziva znanstvenim ekvivalent zlatnoj groznici.
Neosporno je da bi bioprospekcija mogla proizaći iznimne koristi. Većina ljudi u razvijenoj zemlji nema vremena za istraživanje milijuna alternativnih lijekova za bolesti koje mogu postojati u dalekim mjestima. Istraživačke tvrtke, posebice farmaceutske, ovaj put smatraju vrijednom investicijom. Bioprospekcijom su pronađene stvari poput Rosy Periwinkle s Madagaskara, koja sadrži kemikalije koje su korištene u određenim oblicima kemoterapijskog liječenja limfoma.
Mnoge druge tvari, ponekad sugerirane lokalnim tvrdnjama o njihovoj uporabi, mogu se istražiti u bioprospekciji. Obično postoji mnogo više istraživanja nego što je pravih nalaza učinkovitih agenasa, a inherentni problemi mogu postojati u procesu bioprospekcije. Visoka stopa neuspjeha i proces pronalaženja novih agenata obično nisu dovoljni da obeshrabre velike tvrtke koje žele pronaći sljedeći “lijek”. Nažalost, cilj bioprospekcije nije uvijek isključivo altruistički.
Očito je većina velikih tvrtki koje traže “novi lijek”, koji bi se mogao dobiti iz biološke tvari, zainteresirana za pomoć drugim ljudima. Ipak, usporedba bioprospekcije sa zlatnom groznicom često je točna. Sposobnost patentiranja kemikalije koja se nalazi u biološkoj tvari, ili kultivara određene vrste, može značiti fantastične stvari ako se utvrdi da je tvar od pomoći. Zadržavanje patenta na njemu može se pretvoriti u ogromnu financijsku nagradu, u rasponu od milijardi dolara.
U tome leži problem. Većina tvari koje se istražuju u bioprospekciji dolaze iz manjih, udaljenih ili manje razvijenih zemalja koje nemaju resurse za vlastito patentiranje ili opsežna znanstvena istraživanja. Ako zemlja ne može putem literature dokazati da je već koristila tvar za točno istu svrhu, kakvu je namjeravala farmaceutska tvrtka, ta tvrtka može patentirati kemikalije sadržane u biološkoj tvari (obično biljke). To bi moglo eliminirati prava zemlje da proizvodi vlastite verzije bilo kojeg lijeka koji se proizvede i oni bi izgubili profit od toga.
U najboljem scenariju, farmaceutske tvrtke sklapaju financijske aranžmane sa zemljama koje bi ih uključile u dijeljenje dobiti. Ti aranžmani nisu uvijek jednaki ili pošteni, pa otuda i pojam biopiratstvo. Na međunarodnoj razini, Konvencija o biološkoj raznolikosti nastavlja pokušavati riješiti ovo i izgraditi razumna partnerstva između tražitelja sljedeće velike kemikalije na biološkoj bazi i zemalja koje bi ih mogle imati. Jednako važno pitanje za organizaciju je može li itko uistinu posjedovati biološku tvar, živo biće i kako se međunarodni zakoni o patentima ili vlasništvu mogu tumačiti u svjetlu ovog pitanja. Konačno, mora postojati zabrinutost da svako traženje ili kasnija proizvodnja velikih razmjera određenog biološkog agensa ne utječe na biološku raznolikost područja u drugim aspektima.