Peptidni antigen je upotreba peptida za pokretanje imunološkog sustava životinje da razvije protutijela na taj peptid. Peptidi su kratki nizovi aminokiselina; duži lanci poznati su kao proteini. Peptidni antigen može se koristiti kao dio razvoja cjepiva.
Peptidi su organske molekule koje se sastoje od dušika, kisika, ugljika, vodika i obično sumpora. Oni su lanci aminokiselina i povezani su peptidnom vezom. Peptidne veze su veze NH2 i COOH skupina dviju susjednih aminokiselina.
Antigen je molekula koja se veže na antitijelo i stvara imunološki odgovor, reakciju tijela na molekule koje se čine stranim. Imuni sustav nije sposoban prepoznati sve vrste molekula. Proteini, peptidi i lanci šećera mogu djelovati kao antigeni.
Postoje i ljudski antigeni. To uključuje proteine koji su prisutni na površini tumorskih stanica. Takvi antigeni također mogu biti prisutni u krvi. To je osnova za testiranje na antigen specifičan za prostatu, koje se obično koristi za provjeru raka prostate. Neki antigeni se namjerno uvode kako bi djelovali kao cjepiva i generirali imunološki odgovor.
Antitijela su proteini u krvi koji se suprotstavljaju specifičnom antigenu. Antitijelo prepoznaje samo neke dijelove molekule. Vrh antitijela sadrži paratop koji prepoznaje složenu strukturu antigena. Ovo područje antitijela odgovorno je za veliku raznolikost antitijela prisutnih u organizmu. Jedna osoba može imati milijune različitih antitijela.
Često se koriste peptidni antigeni jer su dio većeg proteina, koji možda nije pročišćen. Kada se peptidni antigen koristi za stvaranje antitijela, važno je da istraživač koristi antigenski dio peptida. Stručnjaci za antigen mogu pomoći u dizajnu antigena kako bi se povećale šanse da će peptid koji se koristi kao antigen stvoriti antitijelo. Mnogo je lakše predvidjeti koji su epitopi izloženi ako netko poznaje trodimenzionalnu strukturu spoja.
U većini slučajeva nema znanja o cjelokupnoj strukturi peptida, iako prediktivni softver može analizirati koji dio peptida je vjerojatno antigen. Peptidi koji će najvjerojatnije naići na antitijelo su oni na površini stanice. Vjerojatno su hidrofilni – topljivi u vodi. Fleksibilnost je također važan kriterij za reakciju peptidnog antigena s epitopom.
Nakon što je identificiran odgovarajući peptidni antigen, stvara se sintetski peptid. Zatim se može koristiti u imunizaciji. Ubrizgava se u životinju kako bi se stvorio imunološki odgovor. Nakon što su antitijela izolirana, analiziraju se kako bi se osiguralo da je organizam pokrenuo učinkovit imunološki odgovor.
Jedan uobičajeni način testiranja da se vidi jesu li antitijela specifična za željeni protein je provođenje Western Blota. To uključuje odvajanje proteina koji sadrže peptid na gelu pomoću električne struje. To se zove elektroforeza. Zatim se proteini prenose na membranu i ispituju s antitijelom.
Ako postoji antitijelo specifično za protein, ono će se vezati za protein na membrani. Membrana se ispere i zatim tretira sa sekundarnim antitijelom. Ako su se antitijela razvila u mišu, na primjer, sekundarno antitijelo bi bilo anti-mišje protutijelo. Ovo antitijelo je konstruirano za stvaranje boje ili luminescencije tako da istraživač može vidjeti gdje se izvorno antitijelo vezalo.