Nuspojave prehrane s niskim udjelom ugljikohidrata prvenstveno su povezane s metabolizmom i izravnim fizičkim odgovorom na vrstu hrane koja se konzumira. Prekomjerni plinovi i zatvor dva su najčešća problema povezana s ovom vrstom prehrane. Često će prehrana s niskim udjelom ugljikohidrata crpiti energiju hrane iz povećanja proteina, kojih također može biti višak u tijelu. Ova vrsta prehrane često se naziva ketogena, jer nedovoljno ugljikohidrata može uzrokovati ketozu, stanje u kojem osoba gubi nezdrave količine vode i natrija.
Druge uobičajene nuspojave prehrane s niskim udjelom ugljikohidrata uključuju nekarakterističnu slabost mišića ili grčeve i glavobolje. Neki pacijenti također prijavljuju loš zadah i neobjašnjive osip. Ovi simptomi mogu se pratiti u nedostatku ugljikohidrata i šećera, koji su tijelu potrebni za stvaranje energije i pravilnu obradu hrane.
Ketogena dijeta je režim u kojem konzumacija ugljikohidrata nije dovoljna za održavanje dobrog zdravlja. To dovodi do ketoze, stanja u kojem višak ketonskih tijela ometa sposobnost tijela da obradi glukozu, ključni izvor energije. Ketonska tijela nastaju kao rezultat razgradnje masnih kiselina za dobivanje energije. Kada ima previše ketona, metabolizam masti je ugrožen i tijelo počinje izlučivati višak soli i vode. To često može uzrokovati nedostatak tih elemenata.
Mišići i jetra pohranjuju energiju koju osiguravaju ugljikohidrati. Budući da ove zalihe mogu trajati dosta dugo, nuspojave dijete s niskim udjelom ugljikohidrata mogu potrajati neko vrijeme da se razviju. Ipak, moguće je da tijelo počne kvariti u ranim fazama prehrane s niskim udjelom ugljikohidrata, ovisno o zdravstvenom stanju pojedinca i ekstremnosti prehrane.
Postoji nekoliko dijeta za mršavljenje koje su usmjerene na režim s niskim udjelom ugljikohidrata. Mnoge od ovih dijeta usredotočene su na obroke bogate proteinima s puno povrća. Jedna od najpoznatijih od njih je Atkinsova dijeta, koja je bila na vrhuncu popularnosti 1990-ih. Od tada su ga mnogi liječnici diskreditirali zbog činjenice da, iako dijeta pomaže u gubitku težine, hrana s visokim sadržajem proteina i masnoće koju promiče imaju tendenciju da ugroze opće zdravlje osoba na dijeti.
Unatoč brojnim potencijalnim negativnim nuspojavama prehrane s niskim udjelom ugljikohidrata, postoji nekoliko stanja zbog kojih je propisana ova vrsta režima. Obično se koristi za liječenje dijabetesa, epilepsije i pretilosti. Neki ga liječnici također mogu predložiti pacijentima sa sindromom policističnih jajnika ili sindromom kroničnog umora.