Najčešći ljudski antigeni su faktori krvi, koji određuju krvnu grupu osobe. Ljudski antigeni također uključuju one antigene koji pomažu antitijelima da se cijepaju i unište strane proteine koji mogu naštetiti tijelu osobe. Ti antigeni pomažu tijelu da razlikuje stanice koje pripadaju vlastitom sustavu osobe od stranih stanica ili proteina koje je potrebno ukloniti.
Ljudske krvne stanice mogu sadržavati jedan ili oba ljudska antigena. Ti se ljudski antigeni nazivaju A i B, a njihova prisutnost ili odsutnost određuje koju krvnu grupu osoba ima. Ljudi s krvnom grupom A imaju ljudski antigen A, a oni s krvnom grupom B, imaju ljudski antigen B. Osoba s krvnom grupom AB ima oboje, a ljudi s krvnom grupom O nemaju nijedan od ovih antigena na svojim crvenim krvnim stanicama . Postoji i antigen ljudske krvi koji određuje ima li osoba pozitivnu ili negativnu krvnu grupu.
Prisutnost antigena krvne grupe znači da je odgovarajuće protutijelo odsutno iz sustava osobe. S druge strane, odsutnost određenih antigena znači da osoba stvara antitijela za te određene antigene, zbog čega se ne smiju davati transfuzije krvi ako sadrže ljudski antigen koji inače nije prisutan u tijelu pacijenta. Na primjer, nekome s krvnom grupom A ne treba dati transfuziju krvi B grupe. Nepoznati krvni antigeni izazivaju imunološki odgovor, što može dovesti do ozbiljnih komplikacija ili čak smrti pacijenta.
Ljudski antigen stvara ljudski antigenski sustav leukocita, koji pomaže identificirati antigene koji pripadaju stranim proteinima. Ljudski leukocitni antigen sustav je kodiran na ljudskoj deoksiribonukleinskoj kiselini (DNK) na 6. kromosomu. Ovaj dio DNK koristi se za stvaranje proteina koji prepoznaju antigene. Proces identifikacije antigena naziva se prezentacija antigena.
Većina antigena u ljudskom tijelu su oni koji su u tijelo ušli kroz zrak, krvotok ili probavni trakt. Oni se nazivaju egzogeni antigeni i ljudski imunološki sustav ih smatra neprijateljskim. Druge vrste antigena koje postoje u tijelu osobe nazivaju se endogeni antigeni. Oni su često strani osvajači koji su preuzeli zdravu ljudsku stanicu i replicirali se u njoj. Prezentacija antigena omogućuje da se ti napadači identificiraju i unište antitijelima u imunološkom sustavu.