Muffini s niskim udjelom ugljikohidrata mogu se napraviti od raznih sastojaka i aroma, uključujući voće. Borovnice, banane i brusnice mogu dodati okus muffinima s niskim udjelom ugljikohidrata. Ostale opcije sastojaka za muffine uključuju razno povrće, kao što su tikvice, bundeva i špinat. Muffini se također mogu napraviti od mesa i morskih plodova, poput kobasica i tune. Jaja su prirodna hrana s niskim udjelom ugljikohidrata i sadržana su u mnogim receptima za muffine s niskim udjelom ugljikohidrata, uključujući čokoladne muffine s niskim udjelom ugljikohidrata.
Različite vrste voća koriste se za okus u mnogim receptima za muffine s niskim udjelom ugljikohidrata. Muffini s borovnicama mogu se napraviti s niskim udjelom ugljikohidrata korištenjem sojinog brašna, masnog vrhnja i zamjene za šećer. Osim borovnica, u muffinima s niskim udjelom ugljikohidrata mogu se naći i kupine, maline i brusnice. Muffini od borovnica mogu se napraviti dodavanjem pšeničnih mekinja u smjesu. Muffini s bananama s niskim udjelom ugljikohidrata sadrže obrok od lanenih sjemenki, majonezu i nemasni sirup od banane.
Ostali muffini s niskim udjelom ugljikohidrata u stilu deserta uključuju muffine s niskim udjelom ugljikohidrata od čokolade i soje. Sadrže sojino brašno, jaja i svježi sir. Aromatiziraju se nezaslađenim kakaom, ekstraktom vanilije i zamjenom za šećer. Muffini s kremastim sirom s malo ugljikohidrata i bez šećera sadrže krem sir, zamjenu za šećer i jaja. Muffini s krafnama s niskim udjelom ugljikohidrata napravljeni su od lanenih sjemenki, brašna od badema i otopljenog piva. Također sadrže mlaćenicu, zamjenu za šećer i cimet.
Povrće se može koristiti u mnogim muffinima s niskim udjelom ugljikohidrata, uključujući muffine s niskim udjelom ugljikohidrata. Na tikvicama se ostavlja kožica, koje se prije dodavanja u tijesto nasjeckaju na male kockice. Muffini od bundeve s niskim udjelom ugljikohidrata sadrže bundevu, piment i mljevene klinčiće. Oni također uključuju bademovo mlijeko, zamjenu za šećer i jaja. Veggie frittata muffini sadrže razno povrće, uključujući poriluk, tikvice i špinat. Također se prave od feta sira, nemasnog kiselog vrhnja i jaja.
Meso i riba mogu se staviti u muffine s niskim udjelom ugljikohidrata. Muffini s tunom s malo ugljikohidrata napravljeni su od tune, celera i luka. Također sadrže mljevene zelene paprike, cheddar sir i začine. Muffini s jajima s niskim udjelom ugljikohidrata ne sadrže kruh. Izrađuju se utiskivanjem kobasica na dno i stranice kalupa za muffine i pečenjem; jaje se zatim stavlja u čašu za muffine i vraća u pećnicu. Po završetku pečenja, muffini se prelijevaju američkim sirom.
Mnogi muffini s niskim udjelom ugljikohidrata također sadrže orašaste plodove. Muffini od makadamije s niskim udjelom ugljikohidrata i lažnih muffina od banane napravljeni su od soje četiri, masnog vrhnja i ekstrakta banane. Recept uključuje i pšenične mekinje, sodu i grubo nasjeckane orahe makadamije. Muffini od lana sadrže mljevene sjemenke lana, protein sirutke u prahu i nasjeckane orašaste plodove.