Epitop je dio proteina koji prepoznaje imunološki sustav. Prepoznaju ih specifične T stanice, B stanice i antitijelo koje proizvode B stanice. Kada te stanice prepoznaju i aktiviraju ih specifični epitopi, počinju podizati imunološki odgovor. Većina epitopa potječe od proteina koje imunološki sustav klasificira kao ne-sebe, što znači da su proteini dio stranog organizma kao što je virus ili bakterija.
T stanice i B stanice reagiraju na različite vrste epitopa. Obje vrste stanica mogu reagirati na epitope iz istog organizma, ali ne reagiraju na potpuno isti epitop. To je zato što svaka vrsta stanice reagira na epitope različitih veličina i oblika. Općenito, T stanice reagiraju na epitope koji su mnogo manji od onih koje prepoznaju B stanice i antitijela.
Za T stanice, aktivirajući epitop je fragment proteina. Epitopi koji aktiviraju T stanice su oni koje su obradile imunološke stanice koje se nazivaju stanice koje predstavljaju antigen ili APC. Kada APC obrađuje epitope, to čini unosom bakterija ili virusa i razlaganjem tih organizama na njihove sastavne proteine i druge makromolekule. APC-i tada na svojim površinama prikazuju fragmente proteina, koji mogu biti veličine samo osam aminokiselina. Kada T stanica prepozna epitop i primi druge potrebne stimulativne signale, T stanica postaje aktivni dio imunološkog odgovora.
Nasuprot tome, B stanice i antitijela koja proizvode aktiviraju mnogo veći epitopi. Epitopi B stanica i antitijela su još uvijek u svojim normalnim trodimenzionalnim konformacijama. Ova razlika u tipovima epitopa koje prepoznaju T stanice i B stanice dopušta svakom tipu stanica da obavlja različite imunološke funkcije.
Antitijela prepoznaju epitope na prirodnim proteinima, koji su često prikazani na površini specifičnog infektivnog organizma. Bakterija ili virus na kraju se obloži antitijelom, što ga čini ranjivim na fagocitno ubijanje. Nasuprot tome, T stanice prepoznaju kraće epitope i postaju pripremljene za različite funkcije, kao što je proizvodnja citokina. Također su učinkoviti u ubijanju stanica koje su zaražene virusima ili unutarstaničnim bakterijama, te prepoznaju zaražene stanice jer infekcija uzrokuje da stanice prikazuju strane epitope na svojim površinama.
Snažan značaj epitopa u imunološkom sustavu doveo je do razvoja mapiranja epitopa. Ova tehnika je razvijena da pokuša identificirati elemente ljudskih patogena za koje je vjerojatno da će ih T stanice i B stanice prepoznati kao epitopi. Epitopi koji su prepoznati kao takvi mogu se zatim koristiti kao mete za cjepiva, a također mogu postati osnova dijagnostičkih testova.