Glavni kompleks histokompatibilnosti (MHC) je područje genoma koje kodira niz proteina izraženih na stanicama u tijelu. Ovi proteini služe kao zastavice za imunološki sustav koje omogućuju imunološkom sustavu da razlikuje između “samostalnih” proteina koji pripadaju tijelu i “ne-ja” proteina koji su strani. T stanice imunološkog sustava povezuju se s proteinima koje proizvodi glavni kompleks histokompatibilnosti, koristeći te informacije kako bi odredili pripada li materijal koji se nalazi u tijelu tamo ili ne.
Ovi proteini imaju oblik antigena. Kod ljudi su poznati kao humani leukocitni antigeni (HLA). Fiksirani na vanjskoj strani stanice, ti se antigeni mogu, slično kao vjerodajnice, prezentirati imunološkom sustavu. Ako imunološki sustav prepozna antigen kao štetan, može poduzeti korake da ubije stanicu na koju je vezan. Ovo je osmišljeno kako bi omogućilo imunološkom sustavu da ubije bakterije i druge organizme koji se probijaju u tijelo i omogućilo imunološkom sustavu da identificira stanice koje su zaražene virusima kako bi se moglo zaustaviti širenje virusa.
MHC je iznimno raznolik. Neki od uključenih gena imaju stotine alela, što je prilično neobično; malo gena ima toliko različitih načina na koje se mogu izraziti. Raznolikost glavnog kompleksa histokompatibilnosti je i blagoslov i prokletstvo. Genetska raznolikost čini ljudsku rasu jačom, posebno kada je u pitanju imunološka obrana, ali također otežava transplantaciju tkiva između ljudi.
Kada se krv, tkivo ili drugi donirani biološki materijal transplantira s jedne osobe na drugu, HLA antigeni se možda neće podudarati. Kao rezultat toga, primateljev imunološki sustav smatrat će materijal darivatelja stranim i napadat će ga. To uzrokuje odbacivanje transplantata s stvarima poput kože i organa, a s krvlju može uzrokovati ozbiljne reakcije. U nekim slučajevima, veliki sukob kompleksa histokompatibilnosti može biti smrtonosan.
Postoji niz različitih testova koji se mogu koristiti za identificiranje ključnih područja nečijeg glavnog kompleksa histokompatibilnosti. Ovi se testovi provode kada se ljudi ocjenjuju za darivanje organa, kako bi se pronašao odgovarajući spoj koji će se što bolje uklopiti. Iako neki ljudi mogu pretpostaviti da je krvna grupa jedina stvar na koju se testira, u stvari, postoji niz antigena koji se mogu sukobiti i testiranje mora biti temeljito kako bi se izbjeglo trošenje donorskog materijala na nekoga tko ga ne može primiti.