Proteinski antigen je protein koji može stimulirati proizvodnju protutijela od strane imunološkog sustava, a na koji će imunološki sustav reagirati ako se identificira u tijelu. Antigeni se mogu napraviti od brojnih spojeva, a među najčešćim su proteinski antigeni. Istraživači su identificirali brojne proteinske antigene koji su zainteresirani za imunološki sustav i proces bolesti, a antigeni se intenzivno koriste u istraživanju, dijagnozi i medicinskom liječenju.
Egzogeni proteinski antigen je protein koji drugi organizam proizvodi izvan tijela. Primjer može biti protein koji proizvodi virus koji netko proguta. Kada imunološki sustav vidi ovaj protein, prepoznaje ga kao stranog i potiče proizvodnju antitijela koja se mogu uhvatiti i napasti antigen. Ovo je jedna od linija obrane tijela od uzročnika bolesti.
Endogeni proteinski antigeni se proizvode unutar tijela. Vrlo često se vide u staničnoj smrti. Stanice u tijelu mogu se programirati da proizvode ove antigene tako da imunološki sustav zna kada je vrijeme da razgradi stanicu i reciklira njezine komponente. Ovu vrstu proteinskog antigena imunološki sustav također može koristiti za označavanje inficiranih stanica za uništenje.
Druga vrsta proteinskog antigena je autoantigen. Autoantigeni su tvari koje se normalno nalaze u tijelu i koje se normalno smatra bezopasnim koje tijelo počinje identificirati kao antigen. Autoantigeni su uključeni u autoimunu bolest, u kojoj tijelo počinje napadati samo sebe jer programiranje imunološkog sustava ide po zlu. U ovom slučaju, protein koji je zapravo dio tijela imunološki sustav ocjenjuje štetnim, a imunološki sustav radi na tome da ga eliminira iako to može uzrokovati ozljede tijelu.
Cijepljenja mogu uključivati kontrolirano uvođenje antigena, često proteinskog antigena, u tijelo kako bi se omogućilo stvaranje antitijela bez izlaganja riziku od bolesti. Antigeni se također mogu koristiti u testovima; ako liječnik sumnja da pacijent ima određeni virus, na primjer, uzorak krvi može se uvesti u odabir antigena kako bi se vidjelo na koje se antigene veže. Identifikacija antigena također može biti važna za krvne pretrage koje se provode kako bi se utvrdilo je li neki otporan na bolest ili je li netko bio izložen bolesti.