Western blot protutijela su veliki proteini u obliku slova Y, ili imunoglobulini, proizvedeni za korištenje u Western blot imunotesti, testu za otkrivanje povezanog proteina u kulturi tkiva. Mnoge tvrtke specijalizirane su za proizvodnju i pružanje antitijela laboratorijima koji koriste Western blot metodu. Postoje dvije vrste Western blot antitijela koja se mogu proizvesti u laboratoriju: monoklonska i biklonalna. Metoda i vrsta proizvedenog protutijela ovise o tome kako se antitijelo prirodno reproducira unutar tijela domaćina. Tijekom Western blot testiranja, proces koji se naziva gel elektroforeza koristi se za odvajanje proteina koji su izvorni u uzorku tkiva od ciljanih Western blot antitijela, što dovodi do pozitivne identifikacije.
Gotovo svaka tvar može se upotrijebiti za proizvodnju monoklonskog protutijela koje će se vezati na svoj srodni protein u Western blot kulturi. Poliklonska antitijela proizvode se na gotovo isti način, ali je proces kompliciraniji jer se antitijela moraju prikupiti iz imunoloških B-stanica umjesto da se jednostavno kloniraju iz roditeljske stanice. Rastuća tehnologija proizvodnje imunoglobulina iz različitih tvari smatra se neprocjenjivim alatom u biokemiji, molekularnoj biologiji i medicini. Western blot analizom mogu se otkriti proteini povezani s HIV-om, lajmskom bolešću i Creutzfeldt-Jakobovom bolešću – kravljem ludilom – što dovodi do toga da liječnici mogu postaviti konačnu dijagnozu ranije tijekom progresije bolesti. Uz ove primjene, forenzička znanost također može koristiti Western blot tehnologiju antitijela za identifikaciju uzoraka krvi ili drugih tvari na mjestu zločina.
Bez obzira na njegovu primjenu, proces identifikacije ciljanog proteina u uzorku tkiva počinje reprodukcijom količine antitijela iz poznatog izvora. Monoklonska antitijela mogu se proizvesti iz postojeće kulture, ali proces proizvodnje poliklonskih protutijela znatno je dugotrajniji. Proces obično uključuje ubrizgavanje životinji domaćinu, poput miša ili koze, bilo neaktivnih ili živih čestica, u kojem trenutku B-limfociti životinje proizvode imunoglobuline koji su specifični za antigen. Zatim se uzorku dodaju deterdženti i puferi koji će spriječiti probavu imunoglobulina bilo kojim nativnim enzimima, a gel elektroforeza se koristi za odvajanje proteina prema molekularnoj težini ili izoelektričnom naboju. Western blot protutijela sada su spremna za podvrgavanje procesu “blotiranja”, što je prijenos antitijela na membranu uz uzimanje u obzir specifičnih uzoraka mrlja proizvedenih tijekom prijenosa koji su jedinstveni za protein koji se identificira.